شناسايي بيوانفورماتيكي ژن NKAIN1 به عنوان يك بيوماركر بالقوه مرتبط با سرطان پستان و بررسي بيان آن با استفاده از تكنيك Real Time PCR

In Silico Identification of NKAIN1 Gene as a Potential Breast Cancer Associated Biomarker and Validation Using Real Time PCR Technique

مقدمه و هدف: سرطان پستان شايع‌ترين سرطان تشخيص داده ‌شده و دومين علت مرگ ‌و مير ناشي از سرطان ها در زنان در سراسر جهان است. در سال‌هاي اخير، شناسايي بيوماركرهاي بالقوه مرتبط با سرطان پستان و تركيبات درماني جديد منجر به پيشرفت‌هاي اميدوار كننده‌اي در درمان سرطان پستان شده است. هدف از مطالعه حاضر شناسايي بيوماركرهاي بالقوه‌ي مرتبط با سرطان پستان است كه با استفاده از ديتابيس‌ها و آناليزهاي بيوانفورماتيكي انجام مي شود. روش كار: در اين مطالعه از يك روش­ In silico براي شناسايي بيوماركرهاي مرتبط با سرطان پستان بر اساس داده­هاي ترانسكريپتوم استفاده شد. سپس از روش كمي Real Time PCR (qRT-PCR) براي تجزيه‌ و تحليل بيان متفاوت بيوماركر شناسايي‌شده استفاده شد. يافته­ ها: تجزيه ‌و تحليل با پايگاه‌هاي اطلاعاتي موجود مرتبط با سرطان، ارتباط بين افزايش بيان ژن NKAIN1 و سرطان پستان را نشان داد و تكنيك qRT-PCR افزايش سطح بيان اين ژن را در بافت‌هاي سرطان پستان در مقايسه با بافت‌هاي طبيعي تأييد نمود. نتيجه­ گيري: با توجه به نتايج آناليز In silico و كمي سازي با RT-PCR، ژن NKAIN1 مي‌تواند به ‌عنوان يك نشانگر زيستي بالقوه در تشخيص سرطان پستان در سطح mRNA استفاده شود.

Introduction: Breast cancer is the most commonly diagnosed cancer and the second leading cause of cancer related deaths in women worldwide. Therefore, cancer screening biomarker, for early detection and diagnosis, is urgently required for timely treatment and better cancer management. The aim of this study was to identify potential biomarkers associated with breast cancer using databases and bioinformatics analyses. Materials and Methods: In this study, an in silico approach was used for the identification of breast cancer associated biomarkers based on transcriptome data. Then, quantitative Real Time PCR technique (qRT-PCR) was used for differential expression analysis of identified biomarker. Results: Analysis of available cancer related databases revealed an association between increased expression of NKAIN1 gene and breast cancer. Moreover, qRT-PCR technique confirmed the increased expression level of this gene in breast tumor tissues compared to normal tissues. Conclusion: According to the results of in silico analysis and RT-PCR quantification, the NKAIN1 mRNA level can be used as a potential biomarker in the diagnosis of breast cancer.