روش‌‌هاي طبقه‌‌بندي فايتوپلاسماها

فايتوپلاسماها پروكاريوت‌هاي تخصص‌يافته و انگل اجباري بافت آبكش گياه و حشرات ناقل هستند. از آنجايي كه اين موجودات در شرايط آزمايشگاهي كشت نمي‌‌شوند، امكان استفاده از بسياري از آزمون‌‌هاي مرسوم فنوتيپي كه براي تاكسونومي ماليكوت‌‌هاي كشت‌پذير به‌‌كار مي‌‌رود، براي فايتوپلاسماها وجود ندارد. اين امر اهميت ويژگي‌‌هاي مولكولي و فيلوژنتيكي را نسبت ‌‌به خصوصيات فنوتيپي در تعيين موقعيت تاكسونوميك فايتوپلاسماها نشان مي‌‌دهد. در دهة گذشته روش‌‌هايي برپاية بيولوژي و ژنتيك مولكولي، مانند مقايسة توالي نوكلئوتيدي بخشي از RNA ريبوزومي، اين امكان را فراهم كرده است كه روابط تكاملي و فيلوژني بين جدايه‌‌هاي مختلف فايتوپلاسماها با يكديگر و با ساير پروكاريوت‌‌ها دقيق‌‌تر مشخص شود. مقايسة توالي نوكلئوتيدي بخشي از ژن S rRNA16 يا ناحية بين ژني S16 S23 و tRNAIle هنوز براي آناليز تعداد زيادي از فايتوپلاسماهاي ناشناخته (در مقياس وسيع) استفاده مي‌‌شود. گروه‌‌بندي زيرخوشه با استفاده از مناطق كمتر محافظت‌‌شده، مانند ژن كدكنندة پروتئين ريبوزومي و ناحية بين ژن‌‌هاي S16 و S23، ژن هدف عموميcpn60، ژن كدكنندة پروتئين SecA، ژن secY، ژن پروتئين ريبوزومي (rp) و ژن tuf انجام مي‌‌شود.