بررسي ميزان همخوني ژنومي در گوسفندان بومي ايران با استفاده از نشانگرهاي متراكم (SNP 600K)

مقدمه و هدف: از آنجاييكه، سطح بالاي ميزان همخوني در حيوانات اهلي، منجر به كاهش تنوع ژنتيكي و افزايش احتمال هموزيگوت بودن براي آلل‌هاي مضر مي‌شود. بنابراين، طول عمر حيوانات همخون به دليل كاهش شايستگي ژنتيكي، كاهش مي‌يابد. فلذا، در طراحي برنامه‌هاي اصلاح نژادي پيش آگاهي از ميزان همخوني براي كنترل افزايش همخوني و پيامدهاي منفي همخوني ضروري است. در اين راستا، براي برآورد ضرايب همخوني مي‌توان از داده‌هاي ژنومي استفاده كرد. هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسي ميزان همخوني با استفاده از اطلاعات نشانگرهاي SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از آرايه Illumina OvineSNP600K در گوسفندان بومي ايران بود.مواد و روش‌ها: در اين تحقيق، همخوني ژنومي تعداد 154 نمونه شامل 11 نژاد گوسفندان بومي ايران (كرماني، بلوچي، افشاري، قره گل، سنجابي، سياه‌كبود، لري بختياري، شال، قزل، كيوسي و كبوده شيراز) مورد بررسي قرار گرفت. براي اين منظور، از پنج روش مختلف با استفاده از نرم‌افزار پلينك استفاده شد: شاخصهاي مولكولي ضريب همخوني مبتني بر هتروزيگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار (FIS)، ضريب همخوني مبتني بر هموزيگوسيتي (FROH)، ضريب همخوني مبتني بر ماتريس روابط ژنومي (FGRM)، ضريب همخوني بر اساس تعداد ژنوتيپ‌هاي هموزيگوت مشاهده شده و مورد انتظار (FHOM) و همبستگي گامت‌هاي تركيب شونده(FUNI) .يافته‌ها: ميانگين فراواني آلل نادر در گوسفندان بومي ايران 0/268 بود. همچنين، ميانگين هتروزيگوسيتي مشاهده شده و مورد انتظار به ترتيب 0/341 و0/360 بدست آمد. كمترين ميزان همخوني بر اساس FIS مربوط به نژاد بلوچي و بيشترين مربوط به نژاد شال بود. بيشترين ميزان FROH (0/129) در گوسفند نژاد كرماني و كمترين مقدار آن (0/019) در گوسفند نژاد بلوچي مشاهده شد. همچنين، بيشترين ميزان شاخصهاي FGRM، FHOM و FUNI مربوط به نژاد كرماني و كمترين مربوط به نژاد بلوچي بود. بيشترين پوشش ROH در كروموزوم 26 (20/23%) مشاهده شد، در حاليكه كمترين آن در كروموزوم 2 (6/62%) بود.نتيجه‌گيري: تنوع ژنتيكي گوسفندان بومي ايران متوسط و از 0/315 تا 0/354 بود. ROH در همه نژادها يافت شد بطوريكه، ميانگين طول قطعات ROH بين 48 تا 318 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بين 8 تا 53 متغير بود. ميانگين ضرايب همخوني ژنومي براي كل جمعيت گوسفندان بومي مشابه (0/05) محاسبه گرديد. نتايج اين تحقيق بيانگر عدم سطح بالاي هم خوني ژنومي در اكثر توده هاي گوسفند بومي ايران است.