شناسايي چندشكلي‌هاي تك‌نوكلئوتيدي در ژنوم اكوتيپ‌هاي مرغ شاخدار ايران براي مطالعه روابط ‏فيلوژنتيكي و ميزان همخوني

هدف از انجام اين پژوهش شناسايي چندشكلي‌هاي تك‌نوكلئوتيدي به منظور بررسي روابط فيلوژنتيكي اكوتيپ‌هاي مختلف مرغ گينه‌اي (مرغ شاخدار) در ايران مي‌باشد. داده‌هاي ژنومي 18 قطعه مرغ گينه‌اي مربوط به شش اكوتيپ مختلف ايران، شامل اكوتيپ‌هاي تبريز (آبي و خاكستري)، رشت، تبريز (سفيد)، تلاقي رشت و تبريز (آبي و خاكستري)، شيراز و لار تهيه شد. توالي‏يابي كل ژنوم نمونه‌هاي مرغ گينه‌اي به صورتPairedEnd  با طول خوانش 125 جفت باز  انجام شد. واكاوي فيلوژني بر پايه روش‌هاي اتصال مجاورين و حداكثر درست نمايي انجام شد. ميزان همخوني ژنومي با نرم افزار PLINK براي اكوتيپ‌ها با طول‌هاي مختلف از ژنوم براي شناسايي قطعات هموزايگوس به كار گرفته شد. تعداد 48/14 ميليون چندشكلي تك‌نوكلئوتيدي شناسايي شد. نتايج واكاوي فيلوژنتيكي با استفاده از هر دو روش نشان داد كه دو اكوتيپ شيراز و لار بيشترين مشابهت ژنتيكي را دارند و ساير اكوتيپ‌ها در گروه‌هاي جداگانه‌اي قرار مي‌گيرند. نتايج همخوني در سطح ژنوم نشان داد كه اكوتيپ تبريز (سفيد) داراي بيشترين و اكوتيپ تبريز (آبي و خاكستري) داراي كمترين ميزان همخوني هستند. نتايج اين پژوهش مي‌تواند درك بهتري را از ساختار ژنتيكي اكوتيپ‌هاي مرغان شاخدار براي توسعه برنامه‌هاي بهنژادي ارايه نمايد.