رديابي، تحليل تبارزايي و آناليز ژنتيك جمعيت ويروس ساقه شياري سيب بر اساس ژن پروتئين پوششي

ويروس ساقه شياري سيب (Apple stem grooving virus (ASGV)) يكي از ويروس هاي مهم درختان سيب است. در تحقيق حاضر به منظور رديابي اين ويروس، 87 نمونه مشكوك از برگ و پوست درختان سيب داراي علائم و فاقد علائم از مناطق غربي و جنوب غربي استان زنجان و شرق استان كردستان نمونه برداري انجام شد. پس از استخراج آران اي كل از 50 نمونه از بين نمونه هاي جمع آوري شده، ساخت دي ان اي مكمل با استفاده از آغازگر معكوس طراحي شده منطبق بر ژن كامل پروتئين پوششي انجام شد. در واكنش زنجيره اي پلي مراز، قطعه اي به طول 728 جفت باز مربوط به ژن كامل پروتئين پوششي ويروس ساقه شياري سيب در 12 نمونه از باغات مختلف از منطقه زنجان و بيجار استان كردستان تكثير شد. 9 محصول پي سي ار براي تعيين توالي انتخاب شد، از 9 محصول پي سي آر انتخاب شده چهار نمونه به صورت همسانه سازي شده در پلاسميد pTG19 و پنج محصول پي سي آر بصورت مستقيم توالي يابي شدند. نتايج تعيين توالي و مقايسه با پايگاه داده هاي بانك ژن نشان داد قطعات تكثير يافته در پي سي آر مربوط به ژن پروتئين پوششي ويروس ساقه شياري سيب است. آناليز تبارزائي جدايه هاي تعيين توالي شده و توالي هاي به دست آمده از بانك ژن با استفاده از نرم افزار MEGA 7 و روش Neighbor Joining (NJ) و مدل Jukes Cantor نشان داد كه جدايه هاي ايراني تازه رديابي شده با جدايه هايي از ايران، هند، كره جنوبي و چين در يك خوشه قرار مي گيرند. نتايج بررسي جهش ها نشان داد dN/dS جدايه هاي ايراني نسبت به ساير جدايه ها كمتر است و بيشترين تبادل ژني جدايه هاي ايراني با جدايه هاي كره جنوبي و چين است. اين اولين گزارش از اين ويروس در منطقه زنجان است.