ارزيابي تكاملي هاپلوتايپ‌هاي ژنتيكي غالب ويروس SARS-CoV-2 در ايران در بازه زماني خرداد تا آبان 1399

اهداف: مطالعات اوليه تغييرات نوكلئوتيدي درتوالي‌هاي ژنومي ويروس، منجر به شناسايي 13 گروه هاپلوتايپي شده است. از بين اين هاپلوتايپ‌ها موارد H1، H2 و H5 بيشترين فراواني را در دنيا نشان داده‌اند. بنابراين تغييرات برچسب تك‌نوكلئوتيدي، در اين هاپلوتايپ‌ها با استفاده از روش PCR در جمعيت ايراني ارزيابي شد.مواد و روش‌ها: نمونه‌هاي RNA اين مطالعه مقطعي از افرادي كه در بازه زماني خرداد تا آبان سال 1399 به يكي از آزمايشگاه‌هاي تشخيصي ناجا در شهر تهران مراجعه كرده بودند و ابتلاي آنها به COVID-19 به وسيله تست PCR تأييد شده بود، گرفته شد. 300 نمونه به روش تصادفي انتخاب شدند. به منظور شناسايي و تعيين فراواني تغييرات برچسب تك‌نوكلئوتيدي موجود در هاپلوتايپ‌هاي H1،H2 و H5 تمام نمونه‌ها با استفاده از رويكرد ARMS-PCR ارزيابي شدند. جهت كسب اطمينان از صحت نتايج ARMS-PCR تعدادي از نمونه‌ها به روش Sanger، توالي‌يابي شدند.يافته‌ها: تعيين ژنوتيپ نمونه‌هاي ژنومي نشان داد، 122 نمونه داراي جهش شاخص گروه هاپلوتايپي (28688T C)H5 و 158 نمونه داراي جهش شاخص گروه هاپلوتايپي (14408C T) H1 بودند. همچنين مشاهده شد كه 11 نمونه همزمان با دو هاپلوتايپ ويروسي متفاوت آلوده شده بودند. به علاوه در نمونه‌هاي مورد بررسي گروه هاپلوتايپي H2 مشاهده نشد.نتيجه‌گيري: ارزيابي‌ها حكايت از آن دارد كه جمعيت غالب ويروس‌هاي آلوده‌كننده افراد ايراني در اوايل همه‌گيري داراي هاپلوتايپ H5 بودند. به دنبال گسترش قابل توجه گروه هاپلوتايپي H1 در سطح جهان و با گذشت زمان، اين گروه به عنوان هاپلوتايپ غالب جايگزين H5 گرديد. توالي‌هاي از نوع H1 واجد تغييرات مهمي در دو ژن RdRp و S بودند كه به ترتيب در تكثير ژنوم ويروس و اتصال به سلول ميزبان نقش داشتند