اثرات تنطيمي سيس و ترانس LncRNA در بيان افتراقي ژن‌ها طي آلودگي ويروس سپتي سمي خونريزي‌دهنده (Viral Hemorrhagic Septicemia) در ماهي قزل‌آلاي رنگين‌‌كمان (Oncorhyncus mykiss)

در اين مطالعه با استفاده از فناوري RNA-seq اثر تنظيمي سيس و ترانس ژن‌‌هاي غير كد شونده بلند (lncRNA) در بيان ژن‌‌ها در ماهيان آلوده به ويروس سپتي سمي هموراژيك خونريزي‌دهنده (VHS) مورد بررسي قرار گرفت. در پايان دوره آزمايشي (روز سي و پنجم)، RNA كل از بافت طحال (گروه تيمار شده با ويروس) و سرم فيزيولوژي (گروه شاهد) و  براي آماده‌سازي كتابخانه براي mRNA-seq، مورد استفاده قرار گرفت. نتايج آناليز RNA-seq، نشان داد كه تعداد 63 ژن lncRNA داراي بيان افتراقي بوده است كه با 92 ژن كد شونده به صوت سيس در محدوده 20 هزار باز بالا دست و پايين دست ژن‌‌هاي مورد نظر ارتباط داشتند. از ميان جفت ژن‌‌هاي كد شونده و lncRNA، آنهايي كه همبستگي بياني بيشتر از مثبت 90 درصد و كمتر از منفي 90 درصد داشتند به‌ترتيب به عنوان جفت ژن‌‌‌‌هاي با بيان هم‌راستا و غير هم راستا مورد ارزيابي قرار گرفتند. ژن‌‌هاي كد شونده Interlukin10،BHLHE41، RBP47، gastrotropin، synaptopodin، OX2 و SMC2 با 8 و 13 ژن lncRNA به‌‌ترتيب داراي ارتباط سيس و ترانس بودند. ژن‌هاي Interlukin10، gastrotropin، synaptopodin، OX2، SMC2 و دو ژن RBP47 و BHLHE41 به‌‌ترتيب در گروه تيمار ويروسي و گروه شاهد بيان بالاتري نشان دادند. تجزيه و تحليل هستي‌شناسي ژن‌‌ها نشان‌‌دهنده فعاليت ژن‌‌هاي سايتوكيني از جمله ژن اينترلوكين 10 بود كه در پاسخ‌هاي التهابي در سيستم ايمني نقش مهمي دارد.