عنوان مقاله :
بررسي و مقايسه اثر پرايمر در ارزيابي ساختار جوامع باكتريايي خاك مناطق نيمه خشك با روش Illumina Miseq
پديد آورندگان :
تيموري ، مريم دانشگاه الزهرا 2- موسسه تحقيقات جنگلها و مراتع كشور, سازمان تحقيقات - دانشكده علوم زيستي - گروه ميكروبيولوژي , محمدي ، پريسا دانشگاه الزهرا س - دانشكده علوم زيستي، مركز تحقيقات ميكروبيولوژي كاربردي و بيوتكنولوژي ميكروبي 2- مركز تحقيقات ميكروبيولوژي كاربردي و بيوتكنولوژي ميكروبي - گروه ميكروبيولوژي , جليلي ، عادل سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج كشاورزي - موسسه تحقيقات جنگلها و مراتع كشور , زارعي ، رقيه دانشگاه الزهرا (س) - دانشكده علوم زيستي - گروه علوم گياهي
كليدواژه :
تاكسونومي , تنوع زيستي , توالييابي نسل دوم , جامعه ميكروبي , ميكروبيولوژي خاك
چكيده فارسي :
مقدمه: هدف از اين مطالعه بررسي تاثير نوع پرايمر در ارزيابي ساختار جمعيت ميكروبي در خاك يك اكوسيستم نيمه خشك بوده است. مواد و روشها: ِDNA نمونههاي خاك پس از استخراج و انجام PCR با دو جفت پرايمر مربوط به نواحي V1-V3 و V4-V5 توالييابي و دادهها با نرم افزار QIME آناليز شدند. نتايج: آناليزNext Generation Sequencing نشان داد پرايمر V4-V5 توانست 97/9 درصد از باكتريها را شناسايي كند در حاليكه 90/4 درصد از باكتريها با جفت پرايمر V1-V3 شناسايي شدند. جفت پرايمر V1-V3 توانست درصد بيشتري از Proteobacteria (37/8درصد) را شناسايي كند در صورتيكه جفت پرايمر V4-V5 در شناسايي Actinobacteria (33/6 درصد) بهتر عمل كرده است. بعلاوه جفت پرايمر V4-V5 در سطوح تاكسونوميكي راسته، خانواده و جنس تعداد بيشتري را در نمونههاي خاك مطالعه شده در مقايسه با جفت پرايمر V1-V3 شناسايي كرد. بحث: با وجود عملكرد بهتر پرايمر V4-V5 و با توجه به اينكه برخي از اجزاي سطوح مختلف تاكسونوميكي با يكي از جفت پرايمرهاي استفاده شده شناسايي شدند به نظر ميرسد به منظور ارزيابي دقيقتر جمعيتهاي ميكروبي بهتر است از حداقل دو سري پرايمر استفاده شود.
عنوان نشريه :
زيست شناسي كاربردي
عنوان نشريه :
زيست شناسي كاربردي
