مروري بر استراتژي‌هاي بهينه‌سازي و معايب و مزاياي روش PCR با استفاده از پرايمر هاي دو جفتي (PCR-CTPP)در مطالعات ژنوميكس

زمينه و هدف: روش هاي مختلفي براي تعيين ژنوتيپ در پلي مورفيسم هاي تك نوكلئوتيدي وجود دارد. روش PCR با استفاده از پرايمر هاي دو جفتي (PCR-CTPP) روشي مناسب، كم هزينه، سريع براي تعيين ژنوتيپ پلي مورفيسم تك نوكلئوتيدي (SNPs) است كه نسبت به ساير روش‌ها در زمان و هزينه صرفه‌جويي مي‌كند. در روشPCR-CTPP، محصولات اختصاصي آلل ژن مورد نظر به‌صورت انتخابي با اضافه كردن دو جفت پرايمر به همراه ميكس معمول PCR در يك لوله تكثير مي‌شوند. چهار پرايمر وابسته به آلل شامل، پرايمر F1 (سنس) و R1 (آنتي سنس) براي يك آلل كه پرايمر R1 نوكلئوتيد آنتي سنس را در انتهاي 3′ خود دارد و پرايمرهاي F2 (سنس) و R2 (آنتي سنس) براي آلل ديگر كه F2، نوكلئوتيد سنس را در انتهاي 3′ خود دارد. در  PCR-CTPPسه محصول با سايزهاي مختلف تكثير مي‌شوند كه امكان تعيين ژنوتيپ SNP را در ژل الكتروفورز فراهم مي‌كند. به منظور افزايش تكرارپذيري و دقت نتايجPCR-CTPP ، بهتر است قبل از تعيين ژنوتيپ نمونه، پروتكل اين روش بهينه گردد. هدف اين مطالعه مروري بر استراتژي‌هاي استفاده شده براي كاربرد بهينه و ذكر معايب و مزاياي روش PCR-CTPP در مطالعات تعيين ژنوتيپ پلي مورفيسم هاي تك نوكلئوتيدي است. مواد و روش‌ها: مقالات مرتبط با روش PCR-CTPP از پايگاه هاي داده‌اي مانند ISI web of Science، Science direct ، Pubmed، Google scholar، SID و Scopus جستجو شد. يافته‌ها: براي كارايي بيشتر و تكرارپذيري روش CTPP پيشنهاد مي‌شود با الگوريتم و نرم افزارهاي اختصاصي طراحي پرايمر، به اختصاصيت و يكساني دماهاي ذوب پرايمرهاي طراحي شده توجه كرد. نتيجه‌گيري: استراتژي هاي بهينه سازي نسبت غلظت پرايمرهاي داخلي و خارجي، اضافه كردني مواد افزودني تقويت كننده تكثير به ميكس واكنش PCR و استفاده از برنامه touchdown نيز پيشنهاد مي شود.