تحليل تبارزائي جدايه ايراني ويروس نوار زرد تره‌فرنگي از ميزبان سير براساس نواحي ژنومي CI و CP

ويروس نوار زرد تره ‌فرنگي (Leek yellow stripe virus LYSV) متعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae، به عنوان يكي از بيمارگرهاي غالب و مهم با بيماري‌زايي بالا در ميزبان سير معرفي شده است. در اين مطالعه به منظور شناسايي LYSV، نمونه‌برداري از استان خوزستان، شهرستان شوشتر انجام شد. بدين منظور تعداد 28 نمونه‌ برگي سير با علائم كلروز نواري، موزائيك و بدشكلي جمع‌آوري شد. بررسي اوليه آلودگي با استفاده از آغازگر‌هاي عمومي پوتي‌ويروسي مربوط به هريك از نواحي ژني CI (Cylindrical Inclusion) و NIb) Nuclear Inclusion body) با استفاده از آزمون RTPCR صورت گرفت. الكتروفورز محصول PCR بر روي ژل آگارز 1% به ترتيب وجود قطعاتي به طول 700 و 350 جفت بازي را در 15 نمونه از ميان 28 نمونه جمع‌آوري ‌شده نشان داد. اما نتايج حاصل از تعيين توالي نوكلئوتيدي، صرفا آلودگي سه نمونه از ميان 15 نمونه به LYSV را تأييد نمود. جهت تكميل بررسي‌ها، جدايه‌اي با نام LYSVAE65 انتخاب و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصي مربوط به توالي كامل ژن‌هاي CI و CP Coat Protein مورد بررسي قرار گرفت. محصول PCR مربوط به هر قطعه ژنومي پس از همسانه‌سازي در حامل پلاسميدي pTG19T، توالي‌يابي شد. نتايج حاصل از بررسي تبارزائي بر اساس ترادف نوكلئوتيدي هريك از ژن‌هاي CI و CP، ارتباط روشني بين گروه‌بندي تبارزائي با منشاء جغرافيـايي و ميزباني را نشان نداد. در بررسي وقوع نوتركيبي در اين جدايه با استفاده از برنامه RDP4 هيچ نوتركيبي در اين نواحي مشاهده نشد. اين مطالعه اولين بررسي مولكولي LYSV در ايران مي‌باشد.