بررسي چند شكلي ناحيه ITS-rDNA فوزاريوم بخش‎هاي Elegans و Martiella-Ventricosum مرتبط با كدوييان با استفاده از ماركر RFLP در استان تهران

هدف: هدف از اين تحقيق جمع آوري و شناسايي فوزاريوم هاي مرتبط با گياهان تيره كدوئيان در مناطق كشت اين محصولات در استان تهران و ارزيابي چندشكلي ITS-rDNA RFLP به عنوان يك نشانگر مولكولي در بررسي روابط خويشاوندي اين گروه از فوزاريوم ها مي باشد. مواد و روش ها: در طول فصل زراعي از مناطق عمده‌ي كشت محصولات جاليزي استان تهران، از محل ريشه، طوقه، ساقه تا ارتفاع 15 سانتي متري و همچنين خاك اطراف گياه (ريزوسفر)، نمونه‌برداري ها به‌عمل آمد. جدايه‌هاي قارچي بر روي محيط­كشت PPA كشت، و به روش تك اسپور كردن خالص سازي شده و سپس بر اساس ويژگي‌هاي ريخت شناسي شناسايي شدند. DNA ژنومي قارچ‌ها استخراج‌شد. ناحيه ژنومي rDNA ITS جدايه‌هاي فوزاريوم با استفاده از پرايمرهاي ITS1 و ITS4، تكثير شد. محصولات PCR با استفاده از آنزيم‌هاي Sma Ι، Bgl ΙΙ و Mbo Ι مورد هضم قرار گرفتند و سپس بر روي ژل آگارز 2/5 درصد بارگذاري شدند. تجزيه و تحليل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار NTSYS-PC V2.02 انجام شد. بدين نحو كه ابتدا يك ماتريكس داده از وجود (1) يا عدم وجود (0) هر باند براي هر جدايه ترسيم شد. سپس با استفاده از ضريب شباهت SM، ماتريكس فاصله ژنتيكي توليد و بر اساس مقياس SAHN و روش UPGMA دندوگرام شباهت جدايه‌ها ترسيم شد. نتايج: در مجموع تعداد 95 جدايه فوزاريوم متعلق به گونه هاي Fusarium solani و F. oxysporum شناسايي شد كه از اين تعداد، 45 جدايه متعلق به F. solani و 50 جدايه به عنوان F. oxysporum تشخيص داده شد. از تكثير ناحيه بين ITS1 و ITS4 در جدايه هاي F. oxysporum يك ناحيه­ي  bp 25±550 و در جدايه هاي F. solani ، ناحيه اي به اندازه‌ي bp 25±575 به دست آمد.آنزيم Bgl ΙΙ فاقد جايگاه برشي در ناحيه ي ITS بود. آنزيم Sma Ι در گونه‌هاي F. oxysporum بدون جايگاه برشي، ولي در گونه هاي F. solani داراي يك جايگاه برشي بود و دو قطعه ي 350 و 230 جفت بازي توليد شد. آنزيم Mbo Ι در برخي جدايه هاي تشخيص داده‌شده به نام F. oxysporum چهار باند (bp 180،bp 160، bp 130و bp 90 )توليد كرد كه اين جدايه ها به عنوان F. redolens تشخيص داده شدند و در ديگر جدايه هاي F. oxysporum دو باند bp 320 و bp 190 توليد شد. آنزيم Mbo Ι در جدايه هاي F. solani به استثناي چند جدايه فاقد جايگاه برشي بود. نتيجه گيري: به نظر مي رسد، استفاده از روش rDNA-RFLP با استفاده از آنزيم هاي برشي Sma I و Mbo I مي تواند روش مناسبي براي تفكيك گونه هاي فوزاريوم متعلق به دو بخش Elegans و Martiella-Ventricosum از همديگر و همچنين بررسي تنوع داخل يا بين گونه اي در بخش Elegans باشد.