تحليل و بررسي فيلوژنتيكي برخي ژنوتيپ‌هاي گياه لوفا (Luffa cylindrica) بر اساس توالي ناحيه بين‌ژني trnH-psbA

لوفا با نام علمي Luffa cylindrica گياهي از خانواده كدوييان است كه بيشتر در مناطق گرمسيري و نيمه‌گرمسيري جهان از جمله در اكثر مناطق ايران رشد مي كند. در ‌اين تحقيق تنوع ژنتيكي 9 ژنوتيپ بومي و غير بوميL. cylindrica  از طريق ارزيابي ناحيه بين‌ژني trnH-psbA (IGS) كلروپلاستي مورد بررسي قرار گرفت. پس از نمونه‌برداري از برگ‌هاي جوان، استخراج DNA به‌روش دلاپورتا و PCR با استفاده از آغازگرهاي ناحيه بين‌ژنيIGS  انجام شد. محصولات تكثير شده پس از تعيين توالي، با استفاده از نرم‌افزار Chromas تعيين كيفيت شده و سپس با برنامه ClustalW توسط نرم‌افزارهاي BioEdit وMEGA7 هم‌رديف‌سازي شدند. در ادامه نمودار درختي روابط فيلوژني و ماتريس تفاوت و تشابه توالي ها تعيين و ترسيم شدند. در تحقيق حاضر با بررسي قرابت‌ها با استفاده از نشانگر trnH-psbA (IGS) در ميان نمونه‌هاي مورد مطالعه، تنوع شديد درون‌گونه‌اي در L. cylindrica بومي و ‌غيربومي مشاهده شد. ماتريس فاصله ژنتيكي بين نمونه‌هاي بررسي شده در ‌اين تحقيق از صفر تا 6.865 با ميانگين كلي فاصله 2.53 بود. مقدار متوسط جايگزيني‌هاي مترادف و غيرمترادف (dN/dS) براي توالي IGS ds/dn = 0.68 بود كه نشان‌ دهنده گزينش‌هاي مثبت و خالص در روند انتخاب طبيعي ژنوتيپ‌هاي مورد مطالعه مي‌باشد. تاكنون هيچ مطالعه‌اي در خصوص بررسي مولكولي و شناسايي ژنوتيپ‌هاي بومي مختلف گياه لوفا در ايران و مطالعات فيلوژنتيكي اين ژنوتيپ‌ها صورت نگرفته است. در اين تحقيق از نشانگر trnH-psbA (IGS) استفاده شد تا تنوع موجود در برخي از ژنوتيپ‌هاي لوفاي بومي و غيربومي بررسي و فاصله ژنتيكي آن‌ها تعيين شود. نتايج ‌اين تحقيق نشان داد كه بر اساس درخت فيلوژني و بررسي فواصل ژنتيكي با كمك نشانگر trnH-psbA تنوع درون‌گونه‌اي ‌اين گونه گياهي به‌خوبي قابل ارزيابي مي‌باشد.