شناسايي بيوانفورماتيكي شبكه تنظيمي miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ريه اوليه

مقدمه: در اقدامات باليني، تمايز تومورهاي تهاجمي ريه از تومورهاي اوليه همچنان به عنوان يك چالش باقي‌مانده است. با پيشرفت‌هاي اخير در درك تغييرات بيولوژيك تومورزايي و فن‌آوري‌هاي تحليلي مولكولي، استفاده از اين تغييرات ملكولي مي‌تواند به عنوان نشانگر زيستي بسيار حساس و اختصاصي براي طبقه‌بندي بيماران باشد. در اين مطالعه شبكه ملكولي miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ريه اوليه با رويكرد بيوانفورماتيكي مورد ارزيابي قرار گرفته است.روش بررسي: در اين مطالعه تحليلي- مشاهده‌اي، پروفايل بياني ژن هاي بيماران مبتلا به سرطان ريه اوليه از داده هاي RNAseq در پايگاه داده اطلس ژنوم سرطان (TCGA)، توسط پكيج TCGAbiolinks تهيه شد. با استفاده از پكيج هاي edgeR و limma در نرم افزار R، ژن‌هايي با بيان غير اختصاصي فيلتر شدند و mRNAها و miRNAها با اختلاف بيان معني‌دار بين نمونه‌هاي توموري و نمونه‌هاي سالم ذخيره شدند و با كمك دو پايگاه TargetScan و miRWalk، اهداف آن‌ها پيش‌بيني شد. متعاقباً، شبكه تنظيم‌كننده تعامل miRNA-mRNA با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape به تصوير كشيده شد.نتايج: با تجزيه و تحليل شبكه miRNA-mRNA مشخص شد كه، 7 miRNA شامل؛ hsa-miR-373-3p، hsa-let-7a-5p، hsa-miR-23b-3p، hsa-miR-152-3p، hsa-miR-216a-3p، hsa-miR-106-5p و hsa-let-7i-5p و 6 miRNA شامل؛ has-miR-107، has-miR-17-5p، has-185-5p، has-miR-34a-5p، has-miR-130a-5p و has-96-5p به ترتيب تنظيم‌كننده mRNAهايي كه در سرطان ريه اوليه افزايش و كاهش بيان داشته‌اند، مي‌باشند. نتيجه‌گيري: اين مطالعه بيوانفورماتيكي يك شبكه ملكولي miRNA-mRNA مرتبط با سرطان ريه اوليه را پيشنهاد مي‌كند كه مي‌تواند به عنوان نشانگرهاي پيش آگهي به غربالگري و اهداف درماني جديد سرطان ريه اوليه كمك كند.