مطالعه پويش كل ژنوم بر پايه‌ مدل هاپلوتيپ و تجزيه و تحليل غني‌سازي مجموعه-هاي ژني مرتبط با سن اولين زايش در گاو نلور

در اين پژوهش از ركوردهاي فنوتيپي صفت سن اولين گوساله زايي گاوهاي نلور براي مطالعه پويش ژنوم بر پايه تجزيه و تحليل غني سازي جهت شناسايي ساز و كار هاي زيستي استفاده شد. ارزيابي پويش كل ژنوم با بسته نرم افزاري GHap بر پايه مدل هاپلوتيپي در برنامه R انجام شد. تجزيه غني سازي مجموعه هاي ژني با بسته نرم افزاري goseq برنامه R با هدف شناسايي طبقات عملكردي و مسيرهاي زيستي ژن هاي نزديك در مناطق ژنومي كانديدا انجام شد و در نهايت براي تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي از پايگاه هاي GO، KEGG، DAVID و PANTHER استفاده شد. با تجزيه و تحليل غني سازي مجموعه هاي ژني، مسيرهاي هستي شناسي )ژن هاي كانديدا( Estrogen metabolic process (HSD17B12)، Synapse organization (KIRREL3 و PPFIA2)، Sensory perception of mechanical stimulus (MYO3A و KCNMA1)، Protein tyrosine kinase activity (IGF1R)، cellcell junction (FRMD4A)، GnRH signaling pathway (ADCY5) و Focal adhesion (PPP1R12A) شناسايي شدند. ژن هاي كانديدا نقش مهمي در باروري، سن اولين گوساله زايي، بيوسنتز استروژن، نرخ آبستني تليسه ها، رشد ابتدايي جنين، سن بلوغ و تنظيم هموستازي گلوكز در تخمدان داشتند. با توجه به تأييد مناطق قبلي پويش ژنومي و شناسايي مناطق ژنومي جديد، استفاده از يافته هاي اين پژوهش مي تواند در انتخاب ژنتيكي گاو مفيد باشد.