شناسايي نشانگرهاي مولكولي ريزماهواره در مقياس گسترده در مرزه خوزستاني و مرزه رشينگري

مرزه از خانواده Lamiaceae، گياهي دارويي است كه به‌طور گسترده در مناطق جنوبي ايران مي‌رويد. گونه‌هاي مختلف اين گياه، داراي خواص دارويي زيادي مانند خاصيت آنتي‌اكسيداني و كاربردهاي پزشكي مي‌باشند. فقدان نشانگرها و به‌ويژه نشانگر ريزماهواره، تحقيقات ژنتيكي در اين گياه را بسيار محدود كرده است. لذا در اين مطالعه، به‌ترتيب 271907 و 225534 رونوشت با ميانگين طول 1079 و 1018 باز و مقدار N50 برابر 1802 و 1740 براي مرزه خوزستاني و رشينگري به‌دست آمد. از فرآيند سرهم‌بندي خوانش‌هاي كوتاه حاصل از توالي‌يابي ترانسكريپتوم گياه مرزه خوزستاني و مرزه رشينگري به‌منظور شناسايي نشانگرهاي ريزماهواره استفاده شد. در مطالعه حاضر، 44624 و 34546 مكان ريزماهواره به‌ترتيب در گونه مرزه خوزستاني و مرزه رشينگري شناسايي شد. در ميان اين نشانگرها، موتيف‌هاي دو نوكلئوتيدي و پس از آن تك و سه نوكلئوتيدي بالاترين فراواني را نشان دادند. نتايج بلاست رونوشت‌هاي حاوي ريزماهواره نشان داد كه در گونه‌هاي مرزه خوزستاني و مرزه رشينگري به‌ترتيب 72.27 و 75.32 درصد از رونوشت‌ها داراي حداقل يك ركورد در پايگاه پروتئين‌هاي غير تكراري بودند. تفسير كاركردي از طريق جستجوي همساني و هستي‌شناسي ژن‌ها (GO) انجام شد. در مجموع، 14792 (33.4 درصد) رونوشت حاوي نشانگر SSR در مرزه خوزستاني و 12480 (36.12 درصد) رونوشت حاوي نشانگر SSR در مرزه رشينگري به سه گروه GO طبقه‌بندي شدند. تجزيه و تحليل هستي‌شناسي ژن گزارش داد كه اكثر رونوشت‌هاي سرهم‌بندي شده به گروه عملكرد مولكولي (MF) مرتبط هستند. 45 درصد از كل رونوشت‌هاي حاوي ريزماهواره به 401 مسير اختصاص داده شدند، كه در آن‌ها بيوسنتز متابوليت‌هاي ثانويه پس از مسيرهاي متابوليتي دومين مسير با حدكثر تعداد عضو شناسايي شد. نشانگرهاي ريزماهواره شناسايي شده از ترانسكريپتوم مرزه براي اولين بار در دنيا گزارش مي‌شوند و مي‌توانند منبع مؤثري براي برنامه‌هاي اصلاح اين گياه دارويي باشد.