بررسي ساختار و تنوع ژنتيكي سه اكوتيپ مرغ بومي با جد مشترك و لاين‌هاي تجاري با استفاده از داده‌هاي توالي‌يابي كل ژنوم

منابع ژنتيكي مرغ اهلي طيف وسيعي از نژادها و جمعيت‌‌ها را شامل مي‌‌شود كه در اندازه بدن، رنگ پوست، وزن زنده، توليد تخم و گوشت بسيار متنوع هستند. در مطالعه حاضر جهت بررسي روابط فيلوژنتيكي، تنوع ژنتيكي و همخوني از داده‌‌هاي توالي‌يابي كل ژنوم، تعداد 54 مرغ از جد مشترك (مرغ جنگلي قرمز)، اكوتيپ‌هاي بومي و لاين تجاري استفاده شد. ميانگين 98 ميليون خوانش كوتاه با استفاده از نرم‌افزارهاي بيوانفورماتيكي پردازش و چند شكلي‌هاي تك نوكلئوتيدي فراخواني شدند. ساختار ژنتيكي جمعيت‌ها با كمك نرم‌افزار‌هايAdmixture ، SNPhylo  و پكيج SNPRelate بررسي شد. نرم‌افزار Plink جهت انجام كنترل كيفيت و محاسبه همخوني و نرم‌افزار VCFtools جهت برآورد تنوع ژنتيكي در جمعيت‌هاي مورد نظر ‌به‌كار برده شد. نتايج بررسي ساختار ژنتيكي نشان داد كه كمترين فاصله ژنتيكي با جد مشترك مربوط به اكوتيپ لاري بود و بيشترين و كمترين سهم SNP مشترك با مرغ جنگلي قرمز به‌ترتيب مربوط به لاين گوشتي آرين و لاين تخم‌گذار لگهورن بود. همخوني در لاين‌هاي تجاري (آرين و لگهورن) تقريبا دو برابر اكوتيپ‌هاي بومي بود. تنوع ژنتيكي در اكوتيپ‌هاي بومي (به‌ترتيب لاري، خزك و مرندي) بيشتر از لاين‌هاي تجاري مشاهده شد. نتايج ما اهميت استفاده از نشانگرها در كل ژنوم را جهت آگاهي در مورد هموزيگوسيتي بالقوه مضر و جلوگيري از دست دادن تنوع ژنتيكي در اكوتيپ‌هاي بومي را نشان مي‌دهد. تنوع ژنتيكي در اكوتيپ‌هاي بومي تنها مي‌تواند از طريق برنامه‌هاي اصلاحي سازمان‌دهي ‌شده حفظ شود.