شبكه هاي miRNA-mRNA در كارسينوم سلول كبدي: يك رويكرد بيوانفورماتيكي

كارسينوم سلول كبدي (هپاتوسلولار كارسينوما) شايع‌ترين بدخيمي اوليه كبدي و يكي از علل اصلي مرگ و مير ناشي از سرطان در سراسر جهان است. پژوهش‌هاي گوناگون تاييد كننده اين مطلب است كه برهمكنش microRNA‌ها و mRNA‌ها نقش مهمي در شروع و پيشرفت هپاتوسلولار كارسينوما دارند. از اين‌رو براي درك بهتر شبكه برهمكنش miRNA-mRNA، ابتدا داده‌هاي بيان ژن حاصل از آزمايش ريز آرايه مربوط به بافت كبد (GSE number: GSE39791) مورد تجزيه و تحليل قرار گرفت. در نهايت 6 ژن افزايش بيان يافته و 62 ژن كاهش بيان يافته با استفاده از بسته نرم‌افزاري LIMMA در محيط R شناسايي شد. پس از آناليز ليست ژن‌هاي معني‌دار (mRNAs) در ديتابيس miRNet بر مبناي بافت كبدي؛ تعداد 56 ميكرو RNA به‌عنوان عوامل برهمكنش كننده يا تارگت‌كننده mRNA‌هايِ معني‌دار يافت شد كه در نهايت شبكه miRNA-mRNA به‌وسيله نرم‌افزار Cytoscape رسم ‌شد. آناليز مسيرها و فرآيندهاي بيولوژيكي mRNA‌هايِ معني‌دار با بسته‌هاي نرم‌افزاري clusterProfiler و Goplot نشان داد كه مسيرهاي متابوليسم رتينول، متابوليسم دارو و كارسينوژن‌هاي شيميايي از همه معني‌دارتر بودند. اما؛ سم‌زدايي از تركيبات غيرآلي، فرآيند متابوليسم رتينول و فرآيند متابوليسم ترپنوئيد شاخص‌ترين فرآيندهاي بيولوژيكي بودند. بررسي مسيرهاي سيگنالينگ نشان داد كه مسير متابوليك به‌عنوان يك نشانگر زيستي مهم در اين نوع سرطان دستگاه گوارش بوده كه ممكن است در پاتوژنز نقش داشته باشد. به‌طور خلاصه، بررسي حاضر شواهدي ارائه مي‌دهد كه مي‌تواند در پيش ‌آگهي تومورهاي كبد در آينده مؤثر باشد.