مروري بر شناسايي ژن‌هاي هدف ميكروRNAها با استفاده از ابزارهاي بيوانفورماتيكي در تحقيقات زيست پزشكي

ميكروRNAها گروهي از RNAهاي غير كدكننده كوچك هستند كه بيان ژن در يوكاريوت ها را در سطح پس از رونويسي تنظيم مي كنند. ميكروRNAها با تنظيم بيان تعداد زيادي از mRNAها، به عنوان تنظيم كننده هاي اصلي فرآيندهاي زيستي مختلفي مانند تكوين جنيني، تكثير و تمايز سلولي و مرگ برنامه‌ريزي شده سلول عمل مي‌‌ كنند. بنابراين شناسايي ميكروRNAها و ژن هاي هدف شان در شناسايي مكانيسم‌هاي رشد و نمو و نيز فرآيندهاي دخيل در ايجاد و پيشرفت بيماري‌ها بسيار موثر است. به دليل هزينه‌بر بودن كارهاي تجربي مولكولي، شناسايي ميكروRNAهاي موثر از طريق روش‌هاي بيوانفورماتيكي و زيست شناسي محاسباتي ارزان‌تر و سريعتر از روش هاي معمول آزمايشگاهي است. تعدادي بانك اطلاعاتي و نرم‌افزار بر خط براي كمك به محققان در پيش بيني ژن‌هاي هدف ميكروRNAها توسعه يافته و آزادانه در دسترس قرار گرفته‌اند. نرم‌افزارهاي موجود براي پيش بيني ژن هاي هدف ميكروRNAها، از طيف وسيعي از اطلاعات توالي‌يابي، داده‌هاي مولكولي بيان ژن و نيز الگوريتم‌هاي محاسباتي مختلف استفاده مي‌كنند. تعدادي از مهمترين اين ابزارهاي برخط شامل miRWalk، TargetScan، RNAhybrid، Diana-microT، miRanda و MirTarget هستند. چهار ويژگي اصلي برهمكنش ميان ميكروRNA با  mRNAهدف شامل جفت شدگي در ناحيه Seed، حفاظت شدگي توالي هدف، انرژي آزاد و دسترسي به مكان اتصال در رونوشت هدف، در الگوريتم تمامي اين ابزارهاي پيش بيني هدف ميكروRNAها به كار گرفته شده است. هدف از اين مطالعه بررسي آخرين يافته‌ها در مورد ويژگي‌ها و توانايي‌هاي بيوانفورماتيكي پيش‌بيني ژن‌هاي هدف ميكروRNA، مقايسه كارايي اين ابزارها و در نهايت معرفي كارآمدترين ابزار در زمينه پيش‌بيني ژن هدف ميكروRNAها براي تحقيقات بيوانفورماتيكي، زيست پزشكي و پزشكي مولكولي است.