مروري بر شبيه سازي هاي ديناميك مولكولي در شناخت ساز و كار پديده هاي زيستي در مقياس نانو

شبيه سازي ديناميك مولكولي شاخه اي شناخته شده درعلم بيوانفورماتيك است كه پيچيدگي فرايندهاي زيستي را در محيط ديناميك آبي مشابه جهان سلولي و در مقياس نانو مورد مطالعه قرار مي دهد. در طول پنج دهه گذشته از انجام اولين شبيه سازي ديناميك مولكولي بر يك پروتئين، ادراك زيست شناسي از ساز و كار فرايندهاي مولكولي از چندين منظر به وسيله اين شبيه سازي ها متحول شده است. در اين مقاله، ضمن مروري بر مهم ترين مطالعات شبيه سازي دينامك زيست مولكول ها به تشريح سه نقطه اصلي تحول ايجاد شده پرداخته مي شود. اين نقاط شامل: تاخوردگي پروتئين ها، نقش غشاي سلولي در عملكرد گيرنده ها و تاثير مولكول هاي آب است. نهايتا نحوه تعيين زمان شبيه سازي و تعداد اتم ها در سيستم بررسي مي شود.