طراحي بيوانفورماتيك و ساخت ايمونوژن RBD عليه اتصال ويروس SARS CoV_2

ويروس مسري SARS CoV_2 به سرعت در جهان شيوع پيدا كرد. اين ويروس بيش از 550 ميليون نفر را در سراسر جهان آلوده كرده و منجر به مرگ حدود 7 ميليون نفر شده است. در سازوكار تهاجم ويروس، زيرواحد متصل شونده به گيرنده (RBD) از پروتئين Spike نقش مهمي در ورود ويروس به سلول ميزبان دارد. در اين مطالعه، با توجه به رويكردهاي بيوانفورماتيكي، طراحي كاست، سازگاري كدون و پايداري پروتئين و درنهايت صحت سازه طراحي شده با بررسي بيان پروتئيني سنجيده شد. براي افزايش احتمال بيان كاست RBD، كدون‌هاي ژني و پارامترهاي مختلف بهينه شده و تجزيه و تحليل ترموديناميكي ساختار mRNA براي افزايش ثبات انجام گرديد. ساختار پروتئين سوم نيز پيش‌بيني شد و كيفيت ساختارها ارزيابي شدند. اپي‌توپ‌هاي خطي و فضايي تعيين شدند. پروتئين نوتركيب RBD بالاترين شاخص آنتي‌ژني را نشان داد. شاخص سازگاري كدون پروتئين نوتركيب به 0.96 افزايش يافت. ساختار سوم پيش‌بيني شده بر اساس سرور I_TASSER كيفيت خوبي را نشان داد. تجزيه و تحليل ترموديناميكي ساختار mRNA نشان داد كه ساختار پيش‌بيني شده پايدار است و اپي‌توپ‌هاي تطبيقي و خطي در هر سه حوزه پروتئين نوتركيب مشاهده شده است. سپس سازه مورد نظر در ميزبان باكتريايي بيان شد. نتايج ايمونوانفورماتيكي و بيان نشان داد سازه نوتركيب طراحي شده آنتي‌ژنيسيته و پتانسيل توليد بالايي دارد و مي‌مي‌تواند به‌عنوان يك كانديد ايمونوژن عليه ويروس SARS CoV_2 در مطالعات بعدي استفاده شود.