مطالعه مقايسه‌اي پوشش ترانسكريپتومي و چندشكلي‌هاي تك‌نوكلئوتيدي ژنوم ميتوكندري در گاو ‏هلشتاين (‏Bos taurus‏) در مقابل كليستاني (‏Bos indicus‏)‏

هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسي دلايل اختلاف بيان ژن بسيار فاحش بين دو زير گونه گاو هلشتاين و كليستاني و اهميت ژن هاي ميتوكندري اين دو نژاد شامل COX1، COX2، COX3، ND1 وND2 مي باشند كه در فرآيندهاي مهمي از جمله متابوليسم انرژي، در مقابله با تنش هاي زيستي و غيرزيستي و نيز مقاومت به بيماري نقش دارند. در اين مطالعه از داده هاي RNA-Seq مربوط به ادغام 40 نمونه از مركز گاو شيري دانشگاه ويسكانسين آمريكا (Bos taurus) و 45 گاو ماده كليستاني (Bos indicus) در مزرعه گوجايتپير شهر باهاوالپور واقع در ايالت پنجاب پاكستان استفاده شد. جهت بررسي سطح پوشش ترانسكريپتومي و اختلافات ژنتيكي كه شامل نواحي چندشكلي، نواحي حذف و اضافه و نواحي اتصال بود از نرم افزار IGB استفاده شد. همچنين جهت تعيين مكان نواحي چندشكل و محاسبه درصد انواع جايگزيني هاي انتقالي و تقاطعي نوكلئوتيدها و هم‌رديف سازي توالي ها نرم افزارهاي MEGA6 و DnaSPV.5 استفاده شدند. نتايج حاصل از اين مطالعه، بيانگر اين بود كه ژن COX1 به طول 1542 جفت باز، بيشترين سطح پوشش ترانسكريپتومي (كاوريج) در ژنوم ميتوكندري را دارا بود و كمترين سطح پوشش ترانسكريپتومي مربوط به ژن ND1 بود. در بين ژن هاي ميتوكندري، ژن COX1 بيشترين ميزان حذف و اضافه را نشان داد كه در نژاد هلشتاين بيشتر از كليستاني بود. تعداد نواحي چندشكل در جايگاه COX1 بيشتر از ساير ژن ها و برابر با 19 ناحيه بود. همچنين نتايج نشان داد كه درصد جايگزيني تك نوكلئوتيدي انتقالي در بازها بيشتر از جايگزيني تك نوكلئوتيدي تقاطعي مي باشد كه دليل پايداري تغييرات در طي نسل هاي متفاوت هستند. بنابراين، دلايل احتمالي تفاوت بيان ژن هاي mtDNA مي تواند در نتيجه تفاوت در اتفاقات فرآيندهاي حذف و اضافه، پوشش ترانسكريپتوم و نواحي چندشكلي باشند.