كاوش ژنومي نشانه‌هاي انتخاب در نژادهاي گاو بومي (سرابي، نجدي و تالشي) و هلشتاين با استفاده از ‏روش ‏hapFLK

به منظور شناسايي نشانه هاي انتخاب بين گاوهاي نژادهاي بومي با نژاد هلشتاين از اطلاعات ژنومي 153 رأس گاو بومي (شامل 63 رأس سرابي، 44 رأس نجدي و 46 رأس تالشي) و 60 رأس گاو هلشتاين با در نظر گرفتن 46 رأس گاو نژاد برهمن به عنوان نژاد خارج گروهي استفاده شد. جهت تعيين ژنوتيپ نمونه ها از تراشه هاي Illumina Bead Chip 40K (براي نژادهاي بومي) وIllumina Bead Chip 770K (براي نژاد هلشتاين و برهمن) استفاده شده بود. اطلاعات ژنومي نژادهاي خارجي از پايگاه داده WIDDE استخراج گرديد. پس از اجراي مراحل مختلف كنترل كيفيت داده ها، براي شناسايي نشانه هاي انتخاب از روش آماري hapFLK با نرم افزار hapFLK v1.4 استفاده شد و با در نظر گرفتن 1/0درصد بالاي ارزش hapFLK، نشانه هاي انتخاب روي كرموزوم 25 با استفاده از ابزار Ensmble Biomart شناسايي شدند كه شامل 57 ژن بودند. سپس با استفاده از پايگاه اطلاعاتي PANTHER عملكرد بيولوژيكي كلي ژن ها بررسي شده و QTL هاي موجود در ناحيه مورد انتخاب با استفاده از پايگاه داده Animalgenome استخراج شدند و ژن ها با تحقيقات ديگر نيز مقايسه شدند. نتايج حاصل نشان داد اين ژن ها با مسيرهاي بيولوژيكي مختلف مانند فعاليت وابسته به ATP، اتصال، فعاليت كاتاليزوري، فعاليت آداپتور مولكولي، تنظيم كننده عملكرد مولكولي، فعاليت مبدل مولكولي، فعاليت تنظيم كننده رونويسي و فعاليت انتقالي در ارتباط بودند. QTL هاي گزارش شده در اين نواحي نيز با صفات قد و ارتفاع جدوگاه، ميزان شير و محتويات شير، ميزان آهن عضلاني، صفات مربوط به وزن بدن و آسان زايي ارتباط داشتند.