پويش كل ژنوم جهت شناسايي ژن ها و مسيرهاي زيستي مرتبط با صفات تيپ در گاو بر پايه آناليز مسير

مقدمه و هدف: صفات تيپ توصيف كننده وضعيت اسكلتي دام بوده و داراي همبستگي ژنتيكي متوسط تا بالا با صفات مهم اقتصادي شامل باروري، طول عمر اقتصادي و خصوصيات لاشه در گاو مي با شد. پژوهش حاضر با هدف مطالعه پويش كل ژنوم بر اساس آناليز مجموعه‌ هاي ژني براي شناسايي جايگاه ‌هاي ژني مؤثر بر صفات تيپ با استفاده از آرايه ‌هاي ژنومي 50K بود. مواد و روش ها: براي اين منظور از اطلاعات فنوتيپي و ژنوتيپي صفات طول بدن (BL)، ارتفاع قد از جدوگاه (WH)، دور سينه (CG) و عمق سينه (CD) 286 نمونه ‌ از گاوهاي آميخته استفاده شد. ابتدا آناليز پويش كل ژنومي براي صفات تيپ در برنامه GEMMA نسخه 0/98 انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاري biomaRt2 برنامه R ژن هاي معني داري كه در داخل و يا 25 كيلوباز بالا و پايين دست نشانگرهاي معني دار قرار داشتند، شناسايي شدند. در نهايت تفسير مجموعه ژني با بسته نرم افزاري goseq برنامه R با هدف شناسايي عملكرد بيولوژيكي ژن ‌هاي نزديك به مناطق انتخابي و ژن‌ هاي كانديدا از طريق پايگاه‌ هاي GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. يافته ها: در اين پژوهش تعداد 12 نشانگر تك نوكلئوتيدي واقع روي كروموزوم ‌‌هاي 1، 3، 5، 7، 8، 10، 13، 16، 17، 22، 23 و 25 شناسايي شدند كه با ژن‌ هاي PLCB1 ، PTBP1، TMEM130، PLCB4 (BL)، TGFBR3، SYN3، TRAK1 (WH)، GLP1R، HMGA1 (CG) و CAPN3، MYOG و MYO18B (CD) مرتبط بودند. برخي از اين ژن هاي شناسايي شده در مناطق ژنومي معني دار با مطالعات قبلي هم خواني داشت. در تفسير مجموعه ژني تعداد 17 مسير هستي شناسي ژني و بيوشيميايي با صفات تيپ شناسايي شد(p˂0.05). از اين بين، مسيرهاي توسعه ساختار بافت عضله، تشكيل ساختار آناتوميكي در برگيرنده مورفوژنز، هموستازي ساختار آناتوميكي، تمايز و تفرق استئوكلاست ها، تمايز و تفرق سلول هاي عضلات اسكلتي و مسير سيگنال دهي كلسيم عملكرد‌هاي مهمي را در ارتباط با رشد و توسعه عضلات اسكلتي، هموستازي گلوكز، فرآيند استخوان سازي، تفرق سلول هاي عضلات اسكلتي، تنظيم يون كلسيم و فعال سازي مسير سيگنال دهي كلسيم بر عهده داشتند. نتيجه گيري: يافته هاي اين تحقيق  ضمن تأييد نتايج  مطالعات قبلي در زمينه پويش ژنومي صفات مرتبط با تيپ و همچنين شناسايي مناطق ژنومي جديد، مي تواند در انتخاب ژنتيكي برنامه هاي اصلاح نژادي گاو مفيد باشد.