شناسايي تفاوت‌هاي ژنتيكي بين گاوهاي نژاد هلشتاين و آميخته هاي بومي شمال غرب ايران با استفاده از اطلاعات ژنومي

مقدمه و هدف: انتخاب براي افزايش فراواني جهش هاي جديد كه فقط در بعضي زير جمعيت‌ها مفيد هستند، باعث باقي ماندن نشانه هايي در سطح ژنوم مي شود. اغلب اين مناطق با ژن ها و QTL هاي كنترل كننده صفات مهم اقتصادي در ارتباط هستند. مواد و روش ها: به‌منظور شناسايي تفاوت هاي ژنتيكي بين گاوهاي شيري هلشتاين و آميخته هاي بومي شمال غرب ايران، از اطلاعات ژنومي 60 رأس گاو هلشتاين و ۱۰۰ رأس گاو آميخته بومي شمال غرب ايران استفاده شد. بعد از اطمينان از ساختار مجزاي جمعيت هاي مورد مطالعه، آماره هاي FST، XP-EHH و Rsb جهت شناسايي نشانه هاي انتخاب استفاده شد. يافته ها: به ترتيب تعداد 21، 16 و 24 منطقه‌ي ژنومي كه حدود آستانه‌اي آماره‌ها ي مربوطه را گذرانده بودند، با آماره هاي FST، XP-EHH و Rsb به‌عنوان نشانه هاي انتخاب، تعيين شدند. مناطق ژنومي انتخاب ‌شده با مناطق ژنومي متناظر آن روي ژنوم گاو (ARS-UCD1.2 Bos Taurus Genome)، هم‌رديف سازي و در نهايت تعداد 104 و 134 ژن به ترتيب از روش FST و روش هاي مبتني بر LD، شناسايي شدند. نتيجه گيري: برخي از ژن هاي شناسايي ‌شده در مسيرهاي متابوليكي مرتبط با چشايي، بويايي، مسيرهاي متابوليكي سنتز چربي‌ها، مقاومت در برابر عوامل بيماري‌زا و نيز عملكرد توليد مثلي نقش دارند. همچنين برخي از ژن‌هاي شناسايي ‌شده از طريق مسير سيگنالينگ WNT  (Wingless-type) با توليد شير در ارتباط هستند. مناطق ژنومي تحت انتخاب جهت آناليزهاي بيشتر و يافتن شبكه‌هاي ژني مورد بررسي بيشتر قرار گرفتند. اين آناليزها توسط نرم‌افزار آنلاين و مرتبط با پايگاه داده‌هاي ژنومي (DAVID) انجام گرفت. يك مورد شبكه ژني معني‌دار (p 4.5×10-9) شناسايي شد. اين شبكه ژني با گيرنده‌هاي چشايي و بيشتر براي تشخيص مزه‌هاي تلخ ارتباط داشتند. شناسايي جايگاه‌هاي تحت انتخاب، علاوه بر درك بهتر چگونگي عمل انتخاب طبيعي و مصنوعي روي نژاد هلشتاين و آميخته‌هاي شمال غرب ايران، مي‌تواند به شناسايي QTL‌ها و نواحي مرتبط با صفات اقتصادي مهم كمك كند. به‌طور كلي، جهت شناسايي نقش دقيق اين ژن‌ها و QTLها بايد مطالعات پيوستگي و عملكردي بيشتري انجام گيرد.