سرهم‌بندي نوپديد ترنسكريپتوم و شناسايي ريز RNA هاي محافظت‌شده‌ Kelussia odoratissima Mozaff

گياه دارويي كلوس يا كرفس‌كوهي (Kelussia odoratissima Mozaff.) منبعي غني از مواد فعال دارويي با اثرات درماني است كه به‌صورت انحصاري در رشته‌كوه‌هاي زاگرس مركزي ايران يافت مي‌شود. با وجود خطر انقراض اين‌گونه گياهي، اطلاعاتي درباره ژنوم / ترنسكريپتوم و بيوسنتز تركيبات ارزشمند اين گياه وجود ندارد. در بين مولكول‌هاي حياتي، اگرچه مولكول‌هاي microRNA (miRNAs) نقش مهمي در فرآيندهاي مختلف زيستي به‌ويژه در بيوسنتز متابوليت‌هاي ثانويه در گياهان دارويي دارند، در حال حاضر، هيچ گزارشي از وضعيت miRNAها در گياه كلوس منتشر نشده است. مطالعه حاضر به‌منظور شناسايي miRNAهاي محافظت‌شده و ژن‌هاي هدف آن‌ها در ترنسكريپتوم برگ كلوس انجام شد. پس از توالي‌يابي RNA با پلتفرم Illumina HiSeq 2500، خوانش‌هاي كوتاه پردازش شده سرهم‌بندي شدند. در اين مطالعه، تعداد 4658 يوني‌ژن حاوي توالي miRNAهاي بالقوه شناسايي شدند. پس از پالايه كردن دقيق، پنج توالي miRNA (miR156 3P، miR408، miR169، miR171 و miR398) از ميان توالي‌هاي نامزد شناسايي و ژن‌هاي هدف آن‌ها مشخص شدند. نتايج اين مطالعه نشان داد كه miRNAها در مسيرهاي متابوليكي مختلفي از جمله متابوليسم بوتانوات، متابوليسم گليكوزيلات و دي‌كربوكسيلات، متابوليسم نشاسته و ساكارز، تثبيت كربن در اندامك‌هاي فتوسنتزي، تخريب پراكسي‌زوم و تخريب اسيدهاي چرب درگير بودند. miR408 با تنظيم ژن‌هاي شش مسير متابوليكي، به‌عنوان تأثيرگذارترين miRNA محافظت‌شده در پروفايل بياني كلوس شناخته شد. به‌طور كلي، با توجه به نقش تنظيمي miRNAهاي شناسايي‌شده بر روي طيف گسترده‌اي از شبكه‌هاي ژني و فرآيندهاي بيولوژيكي گياه كلوس در مطالعه حاضر، مي‌توان از اين miRNAها به‌عنوان ژن‌هاي نامزد براي بهبود صفات كمي و كيفي اين گياه استفاده‌كرد.