مقايسه سه روش مختلف استخراج RNA ژنومي از پوست و گوشت ميوه پرتقال تامسون ناول (Citrus sinensis L.)

پژوهش حاضر به منظور مقايسه روشهاي مختلف استخراج  RNAكل با كيفيت بالا در پرتقال تامسون ناول مي باشد. مركبات جز يكي از ميوه هاي استراتژيك در ايران محسوب ميگردد و يافتن روش مناسب و كمهزينه براي كارهاي اجرايي و مولكولي حائز اهميت است. مواد گياهي مورد استفاده براي استخراج RNA كل از دو قسمت مختلف پوست (شامل فلاودو و آلبدو) و گوشت پرتقال تامسون ناول از ايستگاه تحقيقات باغباني قائمشهر، مازندران در سال 1398 جمع آوري شدند. ميوه ها بعد از نمونه گيري، در نيتروژن مايع به حالت فريز شده قرار گرفتند و تا زمان استفاده در منفي 80 درجه سانتيگراد نگهداري شدند. به منظور تجزيه و تحليل مولكولي، نمونهها به آزمايشگاه گروه باغباني گرگان منتقل شدند. و براي مطالعه از سه روش شامل: تريازول، دنازيست غيرستوني و RNX-PlusTM  استخراج RNA كل ارزيابي گرديد.  به منظور نشان دادن كيفيت و كميت RNA، بر روي ژل آگارز 1% و با استفاده از اسپكتوفتومتر نانودرآپ در طول موج 230، 260 و 280 تعيين گرديد. نتايج با استفاده از طرح كاملا تصادفي در سه تكرار و آزمون دانكن در سطح معنيدار 5 درصد و با استفاده از نرم افزار SAS 9.0 مورد تجزيه و تحليل قرار گرفت. نتايج وجود باندهاي ريبوزومي S28 و S18 مجزا و واضح روي ژل الكتروفورز نمايش ميدهد و يكپارچگي RNA با باندهاي ريبوزومي شارپ بدست آمد. همچنين با استفاده از اين روشها نسبت جذب 260.280، بين 1.94- 1.80 بيانگر اين است كه، نمونهها بدون آلودگي پروتئين در RNA استخراج شده بودند. و در نسبت جذب 260.230، بين 2.14- 2.0 نمونهها بدون آلودگي پليساكاريد و فنل نشان داده شد. در مقايسه با ساير روشها، در روش تريازول اختلاف معنيداري مشاهده شد. اين روش به طور موفقيت آميزي باعث جداسازي RNA از دو بخش ميوه پرتقال شد. بهطوركلي نمونههاي جذب 1.9 تا 2 بيشترين خلوص RNA استخراجي دارند و متوسط غلظت  RNA در روش تريازول به ترتيب در پوست پرتقال 379.90 (نانو گرم بر ميكرو ليتر) و گوشت پرتقال 352.15 (نانو گرم بر ميكرو ليتر) داشتند. و كمترين غلظت در روش دنازسيت غيرستوني به ميزان 263.10 (نانو گرم بر ميكرو ليتر) در گوشت ميوه محاسبه گرديد. روش تريازول يكي از بهترينها براي استخراج RNA كل باكيفيت ميباشد. در ارتباط با اين روش بيشترين غلظت و خلوص RNA در نمونه هاي مختلف (پوست و گوشت) پرتقال نشان داد. به طور كلي در نمونه هاي پوست (فلاودو و آلبدو) غلظت RNA بيشتري بدست آمد.