مطالعه برهم كنش پروتئين آستروپسين A و پاكلي تاكسول با استفاده از شبيه سازي ديناميك مولكولي و معادله پواسون- بولتزمن تطبيقي (Adoptive Poison-Boltezman software)

در اين مطالعه، برهم كنش مولكول پاكلي تاكسول با پروتئين آستروپسينA در محيط آبي از طريق شبيه سازي ديناميك مولكولي و معادله پواسون- بولتزمن مطالعه شده است. انرژي اتصال ما بين پاكلي‌تاكسول و آستروپسينA به كمك معادله پواسون- بولتزمن در سيستم هاي به تعادل رسيده محاسبه شده و با روش ديناميك مولكولي شبيه سازي شده است. هدف اصلي در اين مطالعه، بررسي سايت هاي فعال براي ايجاد برهم كنش موثر ما بين نانوذرات دارو و پروتئينها و همچنين تشكيل چهارچوبي براي دارو توسط پروتئين ها مي باشد كه بدين منظور از يك ، دو ، سه ، چهار و پنج آستروپسينA استفاده شده است. همچنين نتايج شبيه سازي ديناميك مولكولي همچون شعاع چرخش ، تابع توزيع شعاعي و پيوند هيدروژني مورد بحث قرار گرفته است. نتايج حاصل از شبيه‎سازي سيستم ها در حضور و عدم حضور پاكلي تاكسول مورد مقايسه قرار گرفته است. نتايج بدست آمده نشان مي‎دهند با اضافه كردن هر چه بيشتر آستروپسينA به پاكلي تاكسول، حلاليت پاكلي تاكسول در آب افزايش مي‎يابد. همچنين مشخص مي‎شود اسيدآمينه هاي گلايسين ٢، لوسين ٢١، فنيل ١٤، سيستئين 3، پيروگلوتاميك اسيد ١ بيشترين برهم-كنش با پاكلي تاكسول در سيستم هاي به ترتيب شامل يك، دو ، سه، چهار و پنج آستروپسين A دارند. نتايج نشانگر اين است كه با افزايش تعداد آستروپسينA، ميزان اتصال پاكلي تاكسول به آستروپسينA ، افزايش مي يابد.