تجزيه داده‌هاي ژنومي حاصل ازk SNP chip 70 جهت شناسايي جايگاه‌هاي مرتبط با تمايز دو نژاد اسب كرد و كاسپين با استفاده از جاروب انتخاب

مقدمه و هدف: انتخاب طبيعي و مصنوعي در جهت افزايش فراواني آلل‌هاي مطلوب در جمعيت‌هاي حيواني، سبب برجاي ماندن برخي نشانه‌ها در ژنوم حيوانات مي شود كه معمولاً با صفات مهمي در ارتباط هستند. امروزه با پيشرفت توالي‌يابي نسل جديد و دسترسي آسان‌تر به اطلاعات ژنومي حيوانات، مدل‌هايي براي شناسايي نشانه‌هاي انتخاب بر پايه فراواني آللي و طول هاپلوتيپي ارائه شده است. در اين پژوهش نشانه‌هاي انتخاب متمايزكننده دو جمعيت اسب نژاد كرد و كاسپين با استفاده از تراشه k ۷۰ مورد بررسي قرار گرفت. مواد و روش ها: در اين تحقيق از ۳۵ راس اسب نژاد كاسپين و ۳۱ راس اسب نژاد كردي نمونه خون جمع‌آوري شد. پس از استخراج DNA و تعيين توالي (توسط شركت ايلومينا) كنترل كيفي داده ها براي فراواني آلل حداقل (PMAF 0.01), و نرخ تعيين ژنوتيپ (PGENO 0.5), و انحراف از تعادل هاردي-واينبرگ (PH-W 1 ͯ 10^-6).انجام شد. در ادامه كنترل كيفي با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام گرفت و با استفاده از سايت Ensemble به شناسايي جايگاه هاي SNPها پرداخته و در نهايت ژن هاي مرتبط با اين جايگاه ها مشخص شدند. يافته ها: پس از انجام كنترل كيفيت داده‌هاي ژنومي و ادغام اطلاعات دو جمعيت بر اساس بسته نرم افزاري R ۶۱ اسب با ۵۲۶۵۰ SNP براي ادامه آناليزها باقي ماندند. در اين پژوهش با استفاده از آزمون‌هاي آماري Fst به روش براوردگر نااريب تتا در نهايت تعداد ۳۱ نشانگر متمايز كننده دو نژاد اسب مورد مطالعه شناسايي شدند. نتيجه گيري: ﻧﺘﺎيﺞ نشان داد ﮐﻪ دو ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ و اﺳﺐ ﮐﺮد در دو دﺳﺘﻪ ﺟﺪاﮔﺎﻧﻪ ﻗﺮار دارﻧﺪ. ﻧﮋاد اﺳﺐ ﮐﺮدي داراي ﺗﻨﻮع و ﭘﺮاﮐﻨﺪﮔﯽ ﺑﯿﺸﺘﺮي ﻧﺴﺒﺖ ﺑﻪ اﺳب ﮐﺎﺳﭙﯿﻦ بود. از مهم‌ترين ژن‌هاي شناسايي ‌شده مرتبط با جايگاه هاي معني‌دار، ژن هاي INPP5F، HPSE2، R3HCC1، DOCK3،ITGB6، GM6B، PHEX، WDR13، LRCH2، GRIA3، THOC2 بودند. بيشتر ژن‌هاي شناسايي‌ شده در اين پژوهش با تبادلات بين سلولي، انقباضات ماهيچه‌اي، ايمني، پشتيباني غشا پايه، پايداري DNA، سيستم عصبي در ارتباط بودند.