مقايسه علايم، تعيين توالي كامل و تحليل فيلوژنتيكي جدايه‌هاي ويروس تريستزاي مركبات از استان‌هاي مازندران و فارس

ويروس تريستزاي مركبات (Citrus tristeza virus-CTV) يكي از بيماري هاي مهم درختان مركبات در اغلب مركبات كاري‌هاي ايران است. در اين تحقيق توالي كامل ويروس تريستزاي مركبات از دو منطقه مركبات خيز استان مازندران و استان فارس تعيين و برخي صفات بيولوژيكي و مولكولي آن ها با يكديگر مقايسه شده است. 56 درصد از نمونه هاي جمع‌آوري شده از استان مازندران و 32 درصد نمونه‌هاي تهيه شده از استان فارس در آزمون زنجيره اي پلي مراز آلوده به ويروس تريستزاي مركبات بودند. علايم CTV در نمونه‌هاي مركبات استان مازندران كوتولگي خفيف تا شديد، سرخشكيدگي، زردي، زردي رگبرگ و زوال سريع بود در حالي كه در نمونه‌هاي استان فارس علايم CTV، كوتولگي، سبزخشكيدگي، زردي، و سرخشكيدگي شاخه‌ها بود. سه ماه پس از مايه زني نيز علائم كوتولگي شديد، رگبرگ روشني، زردي و ريزبرگي در نهال‌هاي مايه‌زني شده با جدايه‌هاي استان مازندران و علايم كوتولگي خفيف، رگبرگ روشني، زردي و ريزبرگي در نهال هاي نارنج بذري مايه‌زني شده با جدايه‌هاي استان فارس ايجاد شد. از درختان مركبات آلوده به تريستزا از استان‌هاي فارس و مازندران نمونه برداري و از آنها كتابخانه sRNA تهيه و توالي يابي شدند. نتايج نشان داد كه طول ژنوم كامل بازسازي شده براي جدايه هاي IR-North1، IR-North2، IR-South1 و IR-South2 به‌ترتيب 19296، 19302، 19252 و 19251 نوكلئوتيد است و در سطح نوكلئوتيدي با ساير جدايه هاي CTV موجود در بانك ژن بين 77.5-95.2 درصد شباهت داشتند. بررسي توالي پروتئين ها نشان‌دهنده وجود 280 جايگزيني در 33 موتيف در جدايه‌هاي توالي يابي شده CTV بود. كمترين تغييرات در جدايه IR-North1 با پنج جايگزيني بود. در جدايه هاي IR-North2، IR-South1 و IR-South2 به‌ترتيب 97، 85 و 93 جايگزيني اتفاق افتاده بود. بيشترين جايگزيني در چارچوب‌هاي ژني ORF1a و p61 بود. تعيين سويه جدايه ها با همانندسازي و هضم مجازي و همرديف‌سازي ناحيه بين ژن هاي پوشش پروتئيني كوچك (Cpm) و پوشش پروتئيني نشان داد كه جدايه IR-North1 مشابه نژاد‌هاي مولد زوال سريع و سويه T36 و جدايه هاي IR-South2، IR-North2 و IR-South1 از نژاد‌هاي مولد ساقه آبله‌اي و زردي نهالچه و به‌ترتيب مشابه با سويه T3، SY و T318A هستند. در درخت فيلوژني ترسيم شده بر اساس طول كامل ژنوم نيز سه جدايه IR-North2 و IR-South1 و IR-South2، در گروه VT و جدايه IR-North 1 در گروه T36 قرار گرفتند. همچنين بررسي وقوع نوتركيبي احتمالي در جدايه‌هاي ايراني نشان داد كه جدايه‌هاي IR-North1، IR-North2 و IR-South1 در ژن هاي رپليكاز و P65 نوتركيب هستند. نتايج بررسي علائم و توالي كامل چهار جدايه بدست آمده نشان داد كه دو جدايه بدست آمده از استان مازندران از لحاظ نوع علائم و جايگاه فيلوژني از هم متفاوت هستند ولي دو جدايه استان فارس از نظر فيلوژني و ژنوتيپي با يكديگر قرابت دارند.