فراتحليل داده‌هاي بياني RNA-Seq و Microarray براي شناسايي ژن‌هاي مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند

امروزه مي توان با روش هاي بيوانفورماتيكي داده هاي حاصل از مطالعات و پلتفرم‌هاي مختلف را ادغام و از آن ها بهره برد. در اين مطالعه، با ادغام داده هاي ريزآرايه و RNA-Seq بافت عضله گوسفند نژاد تكسل موجود در پايگاه داده به مقايسه پروفايل ترنسكريپتومي عضله در دو مقطع سني جنيني و بلوغ پرداخته شد. براي محاسبه مقادير بياني عضله ريزآرايه مربوط به دوران جنيني از بسته هاي نرم افزاري Limma، Biobase و GEOquery در محيط R و براي محاسبه مقادير بياني عضله RNA-Seq از پروتكل Tuxedo و بسته نرم افزاري HTSeq در محيط لينوكس و بسته نرم افزاري DESeq2 در محيط R استفاده شد. سپس دو نوع مقادير بياني ادغام شدند. نتايج نشان داد، در بافت عضله بين مقطع سني بلوغ و جنيني بيان 62 ژن (37 ژن افزايش و 25 ژن كاهش بيان) اختلاف معناداري داشتند. با رسم شبكه ژني بين ژن هاي افتراقي، 15 ژن منتخب MYH1، ACTN3، CASQ1، TMOD4، FBP2، SLC2A4، MX1، COX4I1، SOD2، MFN2،UQCRB، UCP3، PRKAB2، PHKG2، PPP1R3C شناسايي شدند. عملكرد اين ژن ها در تكثير سلولي، تشكيل ميوفيبريل ها و متابوليسم هاي چربي زايي ثابت شده است. آناليز هستي شناسي ژن هاي افتراقي نقش برخي از اين ژن ها مثل ACTN3 وCASQ1 را در فرآيندهاي زيستي مثل توسعه سلول عضلاني مخطط، مسيرهاي علامت‌دهي Calcineurin-NFAT و JAK-STAT آشكار كرد. اين مطالعه علاوه‌بر تأييد روش ادغامي داده هاي ناهمگن، ديدي كلي از تفاوت‌هاي ترنسكريپتومي بافت عضله گوسفند تكسل در دو مقطع مهم سني را فراهم آورد تا ژن هاي منتخب معرفي شده منبع مفيدي براي بررسي‌هاي زيستي ژن‌هاي مربوط به رشد و نمو عضله باشد.