ارزيابي تكنيك PCR-RFLP در شناسايي تنوع ژنتيكي كلستريديوم پرفرنجنس بيوتايپA

زمينۀ مطالعه: كلستريديوم پرفرنجنس باسيل گرم مثبت بي‌هوازي و داراي اسپور است كه بيوتايپ A آن مسئول انواع بيماري‌ها از جمله التهاب روده، اسهال خوني و قانقارياي گازي و يكي از عوامل اصلي سندرم خونريزي دهنده روده گاوها مي‌باشد. تنوع ژنتيكي مي‌تواند بيشترين تنوع فنوتيپي، توزيع جغرافيايي، ويژگي ميزباني، بيماريزايي، مقاومت آنتي بيوتيكي و حدت را در باكتري‌ها توضيح دهد. روش مولكولي مبتني بر الگوي باندهايDNA ، باكتري را بر اساس اندازه قطعات توليد شده توسط هضم آنزيمي ژنوم طبقه بندي مي‌كند.هدف: استاندارد سازي و كاربرد تكنيك PCR-RFLP در شناسايي تنوع ژنتيكي جدايه‌هاي كلستريديوم پرفرنجنس بيوتايپ A.روش‎كار: استخراج DNA ژنومي سويه‌ها و سنتز توالي كامل لوكوس ژني توكسين آلفا با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي طراحي شده با تكنيك PCR انجام شد. برش آنزيمي آمپليكون‌هاي سنتز شده با آنزيم محدودالاثر Mse1 انجام و قطعات حاصل با تكنيك الكتروفورز از يكديگر تفكيك شدند و توسط نرم افزار‌هاي ImageJ وNTSYSPC  مورد بررسي قرار گرفتند.نتايج: يافته‌هاي به دست آمده نشان داد كه توالي لوكوس ژني توكسين آلفا ممكن است تغييركند و حفاظت شده نباشد. در مطالعه حاضر چهار الگوي مختلف بر مبناي برش آنزيمي شناسايي شد. جهش در اين لوكوس مي‌تواند منجر به ايجاد تنوع در كلستريديوم پرفرنجنس بيوتايپ A و ايجاد سويه‌هاي جديد شود.نتيجه­گيري نهايي: لوكوس ژني توكسين آلفا مي‌تواند يك نشانگر مولكوليDNA  در كلستريديوم پرفرنجنس محسوب شود و تكنيك PCR-RFLP به عنوان ابزاري براي تايپينگ اين باكتري و تخمين ميزان روابط فيلوژنتيكي از طريق مطالعات مقايسه‌اي توالي‌هاي نوكلئوتيدي كاربرد داشته باشد.