طراحي و بررسي داكينگ مولكولي كايمر نوتركيب HBHA-Omp28 با هدف توسعه يك واكسن كارآمد عليه باكتري سالمونلا تيفي‏موريوم

زمينه مطالعه: سالمونلوزيك بيماري‏ مهم و خطرناك مي‌باشد كه سلامت انسان و حيوان را مورد تهديد قرار مي‏دهد. اين بيماري ساليانه سبب زيان‏هاي اقتصادي بي‌شماري مي‌شود، از جمله مهم‌ترين راه هاي مقرون به صرفه براي مهار انواع پاتوژن ها واكسيناسيون ايمن با انواع واكسن‌هاي زير واحدي مي‌باشد. آنتي ژن Omp28 به عنوان يك پروتئين خارج غشايي مهم در باكتري سالمونلا تيفي‏موريوم توانايي اثبات شده‌اي در تحريك سيستم همورال و سلولار ميزبان را دارد. از طرفي جهت بهبود واكنش ايمني نسبت به آنتي‌ژن‌ها، در طراحي واكسن‌ها معمولاً از ادجوانت ها استفاده مي‌شود.هدف: مطالعه حاضر به منظور طراحي كايمر نوتركيب HBHA-Omp28 به عنوان يك واكسن عليه پاتوژن سالمونلا اجرا شد.روش‎كار: براي اين منظور، توالي‏هاي نوكلئوتيدي و آمينو اسيدي آنتي‏ژن Omp28 و مولكول HBHA از پايگاه داده‏هاي NCBI استخراج شد. سپس كايمر نوتركيب HBHA-Omp28 با استفاده از لينكر پپتيدي غير منعطف به صورت درون رايانه اي طراحي شد. پيش بيني اپي توپ هاي سلول هاي T و B به ترتيب توسط سرورهاي IEDB و ABCpred انجام شد و خواص آنتي‏ژنسيتي، آلرژنسيتي و فيزيكوشيمايي سازه طراحي شده نيز به ترتيب توسط سرورهاي VaxiJen، AllerTOP و ProtParam بررسي شد. در ادامه براي ارزيابي ساختار دوم و ساختار سوم سازه، به ترتيب سرورهاي SOPMA وI-TASSER به كار گرفته شدند. داكينگ مولكولي بين كايمر نوتركيب و گيرنده TLR4/MD2 با استفاده از سرور ClusPro بررسي شد. در نهايت پس از بهينه‏سازي كدون‏هاي توالي نوكلئوتيدي كايمر نوتركيب در سامانه پروكاريوتي E. Coli سويه K-12، امكان كلون كايمر نوتركيب درون وكتور pET21-a (+) مورد بررسي قرار گرفت.نتايج: بر اساس نتايج به دست آمده در مطالعه حاضر، كايمر نوتركيب HBHA-Omp28 يك پروتئين غير‏آلرژن و آنتي‏ژنتيك با وزن مولكولي 19/34 كيلو دالتون بود. اين سازه با توزيع 91 درصد اسيدهاي آمينه‏ در ناحيه هسته (بر اساس آناليزهاي راماچاندران) مدل شد. همچنين بر اساس داكينگ مولكولي مشخص شد كه پروتئين HBHA توانسته با تشكيل 9 پيوند هيدروژني به گيرنده TLR4/MD2 متصل شود. همچنين نتايج كلونينگ اثبات كرد كه كايمر نوتركيب با موفقيت درون وكتور بياني pET21-a(+) كلون شد.نتيجه گيري نهايي: به طور كلي مي‏توان نتيجه گرفت كه سازه طراحي شده HBHA-Omp28 در مطالعه حاضر مي‌تواند كانديد قابل اعتمادي در ساخت واكسن‌هاي نوتركيب عليه باكتري سالمونلا باشد.