بررسي عملكرد روش هاي مختلف در انتخاب نشانگرهاي SNP موثر بر تمايز نژادي اسب ها

مطالعه حاضر به‌منظور انتخاب نشانگرهاي مؤثر در جداسازي نژاد و مقايسه عملكرد روش‌هاي انتخاب نشانگر با داده‌هاي 304 حيوان از 14 نژاد مختلف كه با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP50K ژنوتيپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتيكي براي درك بهتر تغييرات ژنتيكي در مطالعات پويش ژنومي بسيار مهم است. محتواي اطلاعاتي هر نشانگر زيستي به عنوان شاخصي براي انتخاب نشانگرها در كاهش اندازه پنل‌هاي نشانگري كاربرد دارد. براي تخمين محتواي اطلاعاتي هر نشانگر، از آماره Fst رايت، آماره θ، آماره دلتا، آماره D، آماره Gst، آماره G’st، آماره Gst و آناليز مؤلفه هاي اصلي استفاده گرديد. در اين مطالعه، از آماره لگاريتم نسبت درستنمايي براي انتخاب نشانگرها استفاده شد. با توجه به نتايج، همه روش‌هاي انتخاب براي شناسايي نشانگرها داراي رفتار و عملكرد مشابهي بودند. تعداد نشانگرهاي مشترك بين روش‌ها حداقل 42 نشانگر و حداكثر 499 نشانگر SNP بود. به طور كلي، روش آماره Fst نيازمند تعداد كمتري از نشانگرها براي رسيدن به انتساب موفق بود. آماره‌هاي G’st و G st با بيش از 350 نشانگر براي دستيابي به 95% انتساب صحيح، عملكرد ضعيفي را نشان دادند. لازم به ذكر است كه تنها با 60 نشانگر برتر، دستيابي به موفقيت بيش از 70 درصد امكان پذير است. با توجه به نتايج، Fst جفتي رايت از ساير روش‌هاي انتخاب SNP داراي عملكرد بهتري بود. نتايج حاصله منجر به ايجاد پنل‌هاي انحصاري جهت شناسايي نژادهاي متنوع مي‌گردد كه داراي اهميت اقتصادي زيادي است.