شناسايي واريانت هاي ژنتيكي مرتبط با مسيريابي با استفاده از واكاوي داده هاي ترنسكريپتوم هيپوكامپ در كبوترهاي پلاكي و چاهي

هدف اين پژوهش، شناسايي واريانت‌هاي ژنتيكي مرتبط با مسيريابي در كبوتر بود. داده‌هاي ترنسكريپتوم (هشت نمونه) مربوط به هيپوكمپ كبوترهاي چاهي (داراي توان مسيريابي ضعيف) و پلاكي (داراي توان مسيريابي مطلوب) از پايگاه EBI با شماره دسترسي  PRJNA532674دانلود شد. كنترل كيفيت داده‌ها، نقشه‌گذاري داده‌ها و شناسايي واريانت‌هاي ژنتيكي متفاوت بين دو گروه چاهي و پلاكي با نرم‌افزار  CLC Genomics workbench (12) انجام شد. حدود دو ميليون واريانت ژنتيكي براي هشت نمونه شناسايي شد، كه 2800 واريانت ژنتيكي بين دو گروه متفاوت بود. نقش عملكردي واريانت‌هاي متفاوت، با تجزيه هستي‌شناسي به وسيله ابزار VEP در پايگاه Ensembl در سطح معني داري پنج درصد انجام شد. نتايج تجزيه هستي‌شناسي نشان داد كه واريانت‌هاي متفاوت با ژن LDHA در ارتباط هستند. اين ژن با كد كردن آنزيم لاكتات دهيدروژناز A در قدرت پروازي و سوخت و ساز بي هوازي سلول‌ها داراي اهميت است. پرندگان با نسخه جهش‌يافته ژن  LDHAعملكرد بهتري در مسابقات براي قدرت پرواز و مسيريابي دارند. يكي ديگر از نتايج اين پژوهش، مرتبط بودن واريانت هاي ژنتيكي با ژن DRD4 بود كه در كنترل الگوهاي رفتاري، حافظه و يادگيري حائز اهميت است. مسيرهاي سوخت و ساز پروتئين ها نيز يكي از نتايج مهم اين پژوهش بود زيرا پروتئين ها داراي نقش اساسي در تمايز سلول‌هاي سيستم عصبي هستند. براي نمونه، پروتئين Ubiquitin با نشان دار كردن ساير پروتئين‌ها به عنوان پيام‌رسان براي پروتئازها عمل مي‌كند و عمل هضم پروتئين‌هاي ناكارآمد را در سلول تسهيل مي‌كند. همچنين، اين پروتئين داراي نقش تنظيمي براي فعاليت ساير پروتئين‌ها است.