بررسي تنوع ژنتيكي ارقام گوجه‌فرنگي با نشانگر مولكولي ISSR

هدف: اين مطالعه با هدف بررسي ميزان تنوع ژنتيكي ارقام گوجه‌فرنگي در ايران انجام شد. همچنين در اين پژوهش كارآيي و قابليت نشانگر مولكولي ISSR در ارزيابي تنوع ژنتيكي گوجه‌فرنگي سنجيده شد.مواد و روش‌ها: تعداد 99 رقم گوجه‌فرنگي شامل ارقام پيشتر‌ رايج، رايج و در حال ارزيابي جهت كشت در ايران، با استفاده از 20 آغازگر ISSR مورد ارزيابي قرار گرفتند. براي اين منظور DNA استخراج ‌شده از برگهاي جوان پس از تعيين كميت و كيفيت، طي واكنش زنجيره‌اي پلي‌مراز تكثير شدند. جداسازي قطعات تكثير شده حاصل از PCR از طريق الكتروفورز افقي بر روي ژل آگارز انجام شد. رنگ‌آميزي ژل به‌وسيله‌ اتيديوم برومايد صورت گرفت. تصويربرداري از ژل پس از تابانيدن نور UV به‌منظورر آشكار سازي نوارها، انجام شد. اطلاعات بدست‌آمده از تصاوير، به‌وسيله‌ نرم‌افزار‌هاي آماري تجزيه و تحليل شدند.نتايج: از ميان 20 آغازگر مورد استفاده در اين پژوهش 17 آغازگر چندشكل بودند و در مجموع 275 باند چندشكل با اندازه نوار‌هاي بين 250 تا 3000 جفت باز توليد كردند. چندشكلي متوسط 97 درصد برآورد شد و نه آغازگر 100 درصد چندشكلي نشان دادند. بررسي معيار‌هاي كارايي آغازگر‌ها نشان داد آغازگر UBC 876 بيشترين مقدار شاخص نشانگري، محتواي اطلاعات چندشكلي، نسبت چندشكلي مؤثر و قدرت تفكيك بالا را داشته و درنتيجه عملكرد خوبي در تمايز ارقام دارد. ضريب تشابه جاكارد به‌طور ميانگين 0.41 برآورد شد. بيشترين شباهت ژنتيكي بين ارقامH1423 و Kimia با مقدار 0.96 و كمترين شباهت ژنتيكي بين ارقام Lina و Pil ZTP1 با مقدار 0.13 بود. در تجزيه خوشه‌اي بر اساس ضريب تشابه جاكارد از روش UPGMA استفاده شد و بر اين اساس ارقام به پنج خوشه تقسيم شدند. با توجه به تجزيه واريانس مولكولي (AMOVA) تمايز بين گروه‌هاي تشكيل شده معني‌دار بود. در اين مطالعه حدود 35 درصد از تنوع داده‌ها توسط دو مؤلفه اول و دوم توجيه شد. طبق تجزيه به مختصات اصلي كه مطابقت زيادي با نتايج تجزيه خوشه‌اي داشت، ارقام به پنج گروه تقسيم‎بندي شدند. فاصله هندسي ميان ژنوتيپ‌ها‌ در نمودار و عدم همپوشاني گروه‌ها نشان‌دهنده وجود تفاوت ژنتيكي بين آنها بود. دو رقم Lina و ZTP8 هركدام به‌تنهايي در يك گروه قرار گرفتند و بيشترين فاصله‌ ژنتيكي از ساير ارقام را داشتند.نتيجه‌گيري: اين مطالعه ميزان تنوع ژنتيكي ارقام گوجه فرنگي در ايران را نسبتا زياد ارزيابي كرد. نشانگر ISSR با آشكارسازي چندشكلي زياد نشان داد تكنيكي كارآمد و سودمند جهت بررسي تنوع ژنتيكي و تفكيك ژنوتيپ‎هاي گوجه‌فرنگي مي‌باشد.