آناليز شبكه ژني و يافتن ژن‌هاي كليدي پاسخ به سويه‌هاي باكتريايي مختلف ‏در گوجه‌فرنگي

گوجه‌فرنگي با نام علمي Solanum lycopersicum گياهي يك‌ساله، خودگشن و ديپلوئيد متعلق به خانواده سيب‌زميني (Solanaceae) است. گونه‌هاي مختلف گوجه‌فرنگي بخش مهمي از رژيم غذايي مردم جهان را تشكيل مي‌دهد. بيماري‌هاي باكتريايي يكي از مهم‌ترين عوامل محدودكننده توليد گوجه‌فرنگي در سطح جهان هستند. در اين پژوهش با استفاده از آناليز داده‌هاي ترنسكريپتومي (RNA-seq) و به دنبال آن آناليز شبكه‌هاي ژني، ژن‌هاي كليدي پاسخ به بيماري‌هاي باكتريايي در گوجه فرنگي شناسايي و خصوصيات مختلف آنها بررسي شد. نتايج تجزيه و تحليل تغييرات بيان ترنسكريپتوم گياه گوجه فرنگي نشان داد كه پاتوژن‌هاي باكتريايي داراي اثر متفاوتي بر ترنسكريپتوم اين گياه هستند. بررسي بيشتر تغييرات ترنسكريپتومي نشان داد كه تعداد 913 مورد ژن با بيان متفاوت وجود دارد كه بين تيمارهاي باكتريايي مختلف مشترك هستند. آناليز شبكه، پنج ژن كليدي به نام‌هاي پروتئين بزرگ متصل‌شونده به نوكلئوتيد گوانين، پروتئين كيناز فعال‌شده با ميتوژن 5، پروتئين كيناز فعال‌شده با ميتوژن 7، پروتئين شوك حرارتي 90 كيلودالتوني بتا و پروتئين برهم‌كنش‌كننده با hop را مشخص كرد. آناليز پروموتر در ناحيه‌ي بالادست ژن‌هاي كليدي نشان داد كه همه آنها داراي عناصر تنظيمي پاسخ به تنش‌هاي زيستي (w-box، WRE3 و WUN-motif) در ناحيه پروموتري خود هستند و نقش‌ مهمي در پاسخ به تنش‌هاي زيستي ايفا مي‌كنند. پس از بررسي‌هاي بيشتر روي ژن‌هاي كليدي شناسايي‌شده در اين پژوهش، مي‌توان از آنها در برنامه‌هاي اصلاحي كلاسيك و يا در توليد گياهان تراريخته مقاوم به بيماري بهره برد.