بررسي اثر بخشي تركيبات گياهي در دسترس به‌عنوان مهاركننده پروتئاز اصلي SARS-CoV-2

همه‌گيري كوويد-19 يك بحران بهداشتي جهاني ايجاد كرده است و توسعه درمان‌هاي موثر براي جلوگيري از شيوع اين بيماري و نجات جان ميليون‌ها نفر ضروري است. يكي از پروتئين‌هاي كليدي درگير در چرخه تكثير SARS-CoV-2، ويروسي كه باعث كوويد-19 مي‌شود، آنزيم پروتئاز اصلي، 3CLpro است. اين آنزيم به دليل اهميت بالايي كه دارد، موضوع تحقيقات مولكولي، ساختاري و باليني است و تلاش‌هايي براي توليد داروهايي كه مي‌توانند فعاليت آن را مهار كنند، صورت گرفته است. يكي از اين داروها تركيب شيميايي N3 است كه اثر مهاري بالايي در برابر 3CLpro دارد. هرچند، از ديدگاه طب سنتي، كمتر به اين موضوع پرداخته شده است. در اين پژوهش، مطالعات شبيه‌سازي ميان‌كنش مولكولي داكينگ و شبيه‌سازي ديناميك مولكولي تمام اتم (MD)، براي بررسي قابليت 21 تركيب بالقوه گياهي بر مهار آنزيم 3CLpro صورت گرفت. سه تركيب با بالاترين احتمال مهاركنندگي از نتايج داكينگ مولكولي انتخاب شدند و تحت ns100 شبيه‌سازي MD قرار گرفتند تا پايداري و ويژگي‌هاي ساختاري-ديناميكي-انرژي آن‌ها بررسي شود. علاوه بر پايداري كمپلكس‌ها، نتايج حاصل از شبيه‌سازي نشان داد كه هر سه تركيب انتخابي ما ويژگي‌هاي ساختاري-ديناميكي قابل مقايسه‌ با N3 را به 3CLpro القا مي‌كنند و بنابراين، انتظار مي‌رود كه توانايي مهاركنندگي مشابهي در برابر اين آنزيم داشته باشند. تركيب شماره 5 داراي مطلوب‌ترين انرژي اتصال بود و به عنوان بهترين جايگزين گياهي براي N3 پيشنهاد شد. نتايج پژوهش ما مي‌تواند به‌طور مستقيم براي طراحي مطالعات تجربي با هدف مهار آنزيم 3CLpro مورد استفاده قرار گيرد و در نتيجه، هزينه زماني-مالي چنين مطالعاتي را كاهش دهد.