مطالعه بيان افتراقي ترانسكريپوم سلول هاي CD8+-T در لوسمي لنفوسيتي مزمن

سابقه و هدف: لوسمي لنفوسيتي مزمن (Chronic Lymphocytic Leukemia: CLL) يك اختلال لنفوپروليفراتيو است كه با گسترش كلونال و بدخيم لنفوسيت‌هاي B با فنوتايپ بالغ در خون محيطي، مغز استخوان و بافت‌هاي لنفاوي ثانويه مشخص مي‌شود. لنفوسيت‌هاي T به دليل در معرض قرار گرفتن مداوم با آنتي‌ژن در برابر سرطان‌ها و عفونت‌هاي مزمن، دچار فرسودگي (Exhaustion) مي‌شوند. در واقع رشد بيش از حد سلول‎هاي توموري منجر به ايجاد فضايي با كمبود اكسيژن، مواد غذايي و حتي فضاي فيزيكي براي سلول‌هاي نرمال مي‌شود كه به اين فضا ريزمحيط تومور گفته مي‌شود. در ادامه، ريزمحيط تومور براي سركوب سيستم ايمني از روش‌هاي مختلفي بهره مي‌گيرد كه در نتيجه‌ي آن مسيرهاي متابوليك چه در سلول T و چه در سلول توموري دستخوش تغيير مي شوند، در نتيجه گيرنده‌هاي مهاري در سطح سلول T و هم‌زمان ليگاند آن‌ها در سطح سلول توموري افزايش بيان مي‌يابند. در نهايت سلول T با كاهش توانايي تكثير، سلول كشي و نيز توليد سايتوكاين‌هاي اجرايي مانند اينترفرون گاما همراه است. فرسودگي سلول‌هاي T يكي از چالش‌هاي درمان بسياري از بدخيمي‌ها از جمله CLL است. در CLL پديده فرسودگي سلول‌هاي T به‌واسطه افزايش بيان همزمان گيرنده‌هاي مهاري مشاهده شده است. با توجه به اين‌كه روش‌هاي درماني موجود براي بيماران CLL با عوارض جانبي، مقاومت به درمان و عود بيماري همراه هستند، بررسي تغييرات رونوشت مي‌تواند در طراحي استراتژي‌هاي درماني مؤثرتر كمك‌كننده باشد. در مطالعه حاضر به بررسي پروفايل بيان ژن‌هاي رونوشت (Transcriptome) سلول‌هاي TCD8+، در بيماران مبتلا به CLL در مقايسه با افراد سالم با استفاده از سامانه‌هاي بيوانفورماتيكي پرداخته شده است. مواد و روش‌ها: در ابتدا داده‌هاي خام با استفاده از اين كلمات كليدي در پايگاه SRA جستجو شدند. در ادامه، توسط نرم‌افزار CLC Genomics workbench version 21، خوانش‌هاي چپ و راست با يكديگر يكي شدند. بعد از كنترل كيفي داده‌ها، با توالي رفرانس ژنوم، توالي‌هاي mRNA و CDs انسان سرهم (assemble) شدند. سپس بيان ژن‌هاي مؤثر در فرسودگي سلول‌هاي T-CD8+ بين دو گروه بيماران CLL و افراد سالم مورد مقايسه قرار گرفت و در نهايت، خروجي آناليز به‌وسيله فرمت‌هاي نقشه حرارتي (Heat map) و نمودار آتشفشاني نمايش داده شد. يافته‌ها: در اين مطالعه، شناسايي ژن‌هاي دخيل در فرسودگي T-CD8+ و بيان افتراقي براساس مقايسه در دو گروه CLL شامل 11 بيمار و گروه سالم شامل 11 فرد انجام شد. نتايج مربوط به بيان 59 ژن انتخابي در قالب نمودار آتشفشاني و نقشه حرارتي ارائه شد. نتايج نشان داد كه بيان 42 ژن تغييرات معني‌دار داشتند كه در بيماران CLL، 18 ژن بيان بالاتر و 24 ژن بيان پايين‌تري نسبت به افراد سالم داشتند (0/05FDR P ). استنتاج: سطوح بيان ژن‌هاي مؤثر در فرسودگي سلول‌هاي T-CD8+ بين دو گروه بيماران CLL و افراد سالم متفاوت بوده است. مولكول‌هايي كه ژن آن‌ها داراي افزايش بيان در CLL بوده‌اند، اهداف بالقوه‌اي براي طراحي روش‌هاي درماني جديد پيشنهاد مي‌شود. در واقع با طراحي و توليد آنتي‌بادي‌هاي مونوكلونال و نيز ريزمولكول‌هايي كه قابليت مهار اين مولكول‌ها را داشته باشند، مي‌توان اين مولكول‌ها و مسيرهاي پيام‌رساني وابسته به آن‌ها را مهار نمود كه خود گامي در جهت غلبه بر پديده فرسودگي سلول‌هاي T مي‌باشد.