بررسي تنوع ژنتيكي گاوهاي بومي ايران و هلشتاين با استفاده از اطلاعات ژنومي

در مطالعه‌ي حاضر، از اطلاعات ژنومي 590 رأس گاو شامل گاوهاي بومي سرابي، كرماني، كردي، تالشي، سيستاني، نجدي، مازندراني و توده نژادي پارس، آميخته‌هاي بومي شمال غرب كشور، هلشتاين ايران، هلشتاين فرانسه و هلشتاين ايرلند استفاده شد.كنترل كيفي با استفاده از نرم‌افزار Plink انجام شد. به طوري‌كه جايگاه‌ها و افراد با بيش از 5 درصد ژنوتيپ ازدست‌رفته، نشانگرهاي SNP با MAF كمتر از 1 درصد و نيز نشانگرهاي SNP كه بر اساس تصحيح بنفروني خارج از تعادل هاردي – واينبرگ بودند، حذف شدند. درنهايت تعداد 509 رأس حيوان با تعداد 13512 نشانگر SNP براي مطالعات ساختار جمعيت مورداستفاده قرار گرفت. بررسي و شناسايي گروه‌هاي ژنتيكي با استفاده از آناليز تحليل مؤلفه‌هاي اصلي (PCA) و توسط پكيج آماري GenABEL انجام شد. اطلاعات مربوط به آناليز PCA و اختلاط جمعيتي نشان داد كه جمعيت‌هاي موردمطالعه در چهار گروه مجزا شامل گاوهاي سرابي خالص در گروه اول، آميخته‌هاي بومي شمال غرب كشور در گروه دوم، جمعيت‌هاي اصيل هلشتاين در گروه سوم و نژادهاي بومي ايران در گروه چهارم قرار دارند. همچنين نتايج آناليز شاخص تمايز جمعيتي (FST) نشان‌دهنده دامنه‌ي وسيعي از تمايز بين جمعيت‌ها از 0.180 بين نژادهاي سيستاني و كردي تا 0.007 و 0.004 در بين نژادهاي هلشتاين ايران و ايرلند با هلشتاين فرانسه بود. بررسي تمايز جمعيتي دام‌هاي بومي با هلشتاين اصيل حاكي از آن بود كه نژاد سيستاني بالاترين تمايز را با نژادهاي مختلف هلشتاين (0.128 تا 0.138) دارد و با اختلاف اندك نسبت به ساير نژادها، نژاد كردي و مازندراني كمترين تمايز ژنتيكي را با جمعيت‌هاي هلشتاين موردمطالعه داشتند.