بررسي توالي ترانس كريپتاز معكوس ويروس‌ها با استفاده از روش هاي بيوانفورماتيك

بيوانفورماتيك يك علم بين‌رشته‌اي است كه از فناوري اطلاعات براي سازماندهي و تجزيه و تحليل داده-هاي بيولوژيكي استفاده مي‌كند. اين علم به پژوهشگران امكان مي‌دهد كه بدون نياز به انجام آزمايش‌هاي زمان‌بر و پر هزينه، مطالعات مستند و جامعي در مورد مسائل مختلف علوم زيستي انجام دهند. هدف از اين مطالعه بررسي و شناسايي توالي‌هاي مربوط به (RT) Reverse transcriptase در ويروس‌ها با استفاده از روش‌هاي بيوانفورماتيكي است. بدين منظور هشت سويه ويروس داراي توالي RT با شماره دسترسي NC_001497.2، NC_001648.1، NC_001839.2، NC_003977.2، AF053008.1، EF428979.1، NC_001802.1 از پايگاه NCBI استخراج گرديد. در اين مطالعه، خصوصيات ساختاري و عملكردي، دمين‌‌ها و موتيف‌‌هاي اين پروتئين‌ها مورد بررسي قرار گرفت. آناليز‌ها نشان داد كه پروتئين‌هاي هشت سويه ويروس، متعلق به خانواده‌هاي مختلف، ويژگي‌هاي متمايزي را از خود نشان مي‌دهند كه آنها را از يكديگر متمايز مي‌سازد. همچنين مشخص شد اين پروتئين‌ها در غشاء، سيتوپلاسم و پري پلاسم قرار دارند و همه آنها حاوي حداقل يك دمين مربوط به آنزيم ترانس كريپتاز معكوس هستند. بر اساس آناليز‌هاي صورت گرفته Cauliflower mosaic virus، Cassava vein mosaic virus و Soybean chlorotic mottle virus كه همگي متعلق به خانواده Caulimoviridae هستند، براي توليد آنزيم RT مناسب مي‌باشند. توانايي اين ويروس‌ها براي سازگاري با ميزبان‌هاي مختلف گياهي مي‌تواند به طور بالقوه منجر به توسعه روش‌هاي كارآمدتر و مقرون به صرفه‌تر براي توليد آنزيم RT شود. اين سازگاري همچنين مي‌تواند فرصت‌هاي جديدي را براي مهندسي ژنتيك و بيوتكنولوژي ايجاد كرده و امكان ايجاد آنزيم‌هاي با كارايي بيشتر را فراهم كند.