بررسي ساختار و قرابت پروتئين ‌هاي دهيدرين توسط ابزارهاي بيوانفورماتيك در گياهان تك‌ لپه و دولپه

پروتئين ‌هاي گروه دهيدرين (Dehydrin: DHN)، گروهي از پروتئين‌ هاي مهم دخيل در پاسخ به تنش‌ هاي غير زيستي مانند سرما و خشكي در گياهان هستند. اين پروتئين‌ها به گروهي از پروتئين‌هاي محافظت‌كننده از ساير پروتئين‌ها به نام type II Late embryogenesis abundant تعلق دارند. با توجه به اهميت پروتئين‌هاي گروه دهيدرين در گياهان، در اين تحقيق روابط تكاملي اين گروه در گياهان مختلف موردبررسي قرار گرفت. بدين منظور توالي‌هاي پروتئين‌هاي دهيدرين گياهان مختلف از سايت NCBI استخراج و هم‌رديف گرديد. نتايج وجود نواحي حفاظت‌شده ازجمله موتيف K و S كه به ترتيب در واكنش با ديگر پروتئين‌هاي تحت تنش و محافظت از آن‌ها و همچنين انتقال پروتئين‌هاي گروه دهيدرين از سيتوپلاسم به هسته نقش دارند را در بين ژن‌هاي مورد بررسي نشان داد. درخت فيلوژني بر پايه نواحي حفاظت‌شده و با روش Neighbor Joining رسم گرديد و توالي خطي و درصد اسيدآمينه‌هاي موجود در ساختار اين پروتئين‌ها به‌همراه توالي مكمل ژنومي آن‌ها نيز مورد بررسي قرار گرفت. نتايج نشان داد كه پروتئين‌هاي گروه دهيدرين دولپه‌اي و تك‌لپه‌اي‌ها به دو گروه مجزا تفكيك‌شده و در هر گروه نيز بر اساس نزديكي و دوري جنس‌هاي مختلف گياهي در كلاسترهاي مجزا قرار گرفتند. همچنين گياهان تك و دولپه ازلحاظ توالي خطي اسيدآمينه و درصد آن‌ها هم اختلاف بالايي را نشان دادند. از طرفي، بررسي توالي ژنومي اين گياهان نشان‌دهنده وجود ساختارهاي حفاظت‌ شده و مشابه بود.