برآورد ميزان ضرايب همخوني ژنومي، شناسايي جزاير همخون و ژن‌هاي متاثر در برخي از گوسفندان نژاد مصري سازگار با شرايط محيطي متفاوت

در پژوهش حاضر، به منظور برآورد ميزان ضرايب همخوني ژنومي و شناسايي جزاير ROH، مجموع 206رأس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصري با تراشه هاي K50 تعيين ژنوتيپ شدند. پس از كنترل كيفيت داده ها، 48361 تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه 204 رأس گوسفند باقي ماند. تخمين ضريب همخوني، از طريق چهار روش ماتريس روابط خويشاوندي (FGRM)، ميزان هموزيگوسيتي (FHOM)، همبستگي گامت ها (FUNI)، با استفاده از نرم افزار GCTA (نسخه0/1) و همچنين، قطعات هموزيگوت ژنومي (FROH) با PLINK (نسخه 9/1) محاسبه شد. بعنوان پيش فرض، 1 درصد از نشانگرهاي SNP با بالاترين فراواني در قطعات هموزيگوت بعنوان، جزاير ROH در نظر گرفته شد. نتايج اين بررسي نشان داد كه بطور كلي، پس از تجزيه و تحليل هاي انجام شده مجموع، 62 جزيره ROH با طول 60/24 تا 13 مگاباز شناسايي شد. بطورئيكه، توزيع جزاير ROH در سرتاسر ژنوم يكنواخت نبود و بين نژادها متفاوت بود، بطوري كه بيشترين و كمترين تعداد جزاير ROH به ترتيب روي كروموزوم هاي شماره 1، 24 و 26 مشاهده شد، ولي، برخي مناطق مشترك شناسايي شدند. ميانگين تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهاي گوسفند مورد مطالعه به ترتيب برابر، با 11 و 78/205 مگا جفت باز بود. كمترين ضريب همخوني محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهيتي و بيشترين مربوط به نژاد گوسفند سيدي بود. همچنين، بيشترين ميزان FROH (043/0) در نژاد سيدي و كمترين مقدار آن (018/0) در نژاد باركي برآورد شد. بررسي بيوانفورماتيكي، مناطق شناسايي شده نشان داد كه برخي از اين مناطق ژنومي با ژن هاي مؤثر بر آداپتاسيون و سيستم ايمني (SEMA3D، CSF2، ITPR1)، ژن هاي كانديداي دخيل صفات رشد و توسعه عضلات اسكلتي (UGGT1، ITGA2)، ژن هاي كانديداي توليد مثل (ABHD16B) همپوشاني دارند. به عنوان جمع بندي نتايج پژوهش حاضر نشان داد كه فرآيند انتخاب براي صفات مهم اقتصادي در طي سال هاي متوالي، منجر به شكل گيري قطعات هموزيگوت زيادي به نام جزاير ROH در ژنوم گوسفندان شده است كه پويش ژنومي اين جزاير در سطح ژنوم مي تواند بعنوان، راهبرد جايگزين براي شناسايي مناطق ژنومي مرتبط با صفات مهم اقتصادي باشد.