كارآيي فن‌آوري تعيين ژنوتيپ از طريق توالي‌يابي و مقايسه آن با آرايه‌ي چندشكلي تك‌نوكلئوتيدي در يك جمعيت مرغ نسل دو

پژوهش‌گران حوزه ژنوم در بخش طيور انواع گسترده‌اي از فناوري‌ها را براي جمع‌آوري اطلاعات ژنتيكي در اختيار دارند. اين فناوري‌ها كه عبارت از آرايه‌هاي‌ چندشكلي تك‌نوكلئوتيدي مرغ و تعيين ژنوتيپ مبتني بر توالي‌يابي هستند، بسته به اهداف مطالعه مي‌تواند استفاده‌هاي مختلفي داشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، مقايسه‌ي نتايج حاصل از توالي‌يابي يك جمعيت F2 حاصل از تلاقي دو طرفه پرنده‌هاي بومي اروميه و يك لاين تجاري گوشتي آرين با استفاده از فن‌آوري‌هاي توالي‌يابي و آرايه K60 بود. در فن‌آوري توالي‌يابي، 882918 نشان‌گر شناسايي شد كه 815613 آن‌‌ها (40/92 درصد)  مربوط به كروموزوم‌هاي 1 تا 28 بودند. در اين فن‌آوري، كروموزوم 1 بيشترين و كروموزوم W كم‌ترين تعداد نشان‌گر را داشتند. در فن‌آوري آرايه، تعداد 51347 نشان‌گر بر روي كروموزوم‌هاي 1 تا 28 پراكنده بودند و كروموزوم 1 بيشترين و كروموزوم 16 كم‌ترين تعداد نشان‌گر را نشان داد. داده‌هاي حاصل از فن‌آوري توالي‌يابي، تعداد نشان‌گر و بلوك‌هاي هاپلوتايپي بيشتري نسبت به آرايه‌ي 60 كيلوبازي شناسايي كرد. ميزان عدم تعادل پيوستگي در فواصل فيزيكي 10 كيلوباز، 100 كيلوباز و 1000 كيلوباز در فن‌آوري توالي‌يابي نسبت به آرايه‌ي 60 كيلوباز كم‌تر بود. تنوع زياد نشان‌گرها در داده‌هاي ژنوتيپ‌كردن از طريق توالي‌يابي موجب شد ساختارهاي جمعيتي و خويشاوندي يكنواختي ايجاد شود. همچنين، علاوه بر عملكرد بالا در شناسايي نشان‌گرها، فن‌آوري ژنوتيپ كردن از طريق توالي‌يابي، هزينه‌هاي تعيين ژنوتيپ به‌ازاي هر نمونه را نيز كاهش داد، بنابراين، به نظر مي‌رسد استفاده از فن‌آوري ژنوتيپ كردن از طريق توالي‌يابي بتواند جايگزين مناسبي براي فن‌آوري آرايه‌ي K60 در مطالعات پويش ژنوم در جمعيت‌هاي مرغ شود.