بررسي ساختار جمعيتي و الگوي عدم تعادل پيوستگي اسب‌هاي بومي ايران با استفاده از نشانگرهاي SNP

هدف اين پژوهش، بررسي ساختار و فواصل ژنتيكي، هم‌خوني و الگوي عدم تعادل پيوستگي (LD) و درك روابط بين نژادهاي اسب بومي ايران بود. در مجموع از 167 راس اسب كه شامل 24 راس از نژاد عرب (اصيل)، 24 راس نژاد كاسپين، 15 راس نژاد دره‌شوري، 66 راس نژاد كرد و 40 راس تركمن بودند، استفاده شد. نمونه‌ها با استفاده از تراشه (Illumina 70k SNP equine bead chip) ژنوتايپ شدند. در پالايش داده‌ها، جايگاه‌هايي با MAF كمتر از 2 درصد، Mind  كمتر از 5 درصد، HWE كمتر از  و ژنوتاپت‌هاي كمتر از 01/0 حذف شدند و 45270 جايگاه SNP در 159 راس اسب براي آناليزهاي بررسي ساختار ژنتيكي اسب‌هاي بومي ايران به كار گرفته شد. تجزيه‌ ساختار ژنتيكي نشان داد كه در K=5 نژادهاي كاسپين و كرد در يك خوشه مشترك قرار گرفتند و نژادهاي تركمن، دره‌شوري و عرب (اصيل) نيز خوشه‌هاي متمايزي تشكيل دادند. فاز LD در بين تمام نژادها در فاصله زير bp400 كاهش معناداري داشت. نژاد كاسپين و دره‌شوري به ترتيب كم‌ترين و بيش‌ترين LD و بيش‌ترين و كم‌ترين اندازه موثر جمعيت را تجربه كردند. كم‌ترين و بيش‌ترين ضريب هم‌خوني براساس رشته‌هاي هموزيگوت ژنومي (ROH) نيز به ترتيب در نژادهاي عرب اصيل و كاسپين ديده شد. نتايج نشان داد نژادهاي بومي اسب ايران به خوبي با نشانگرهاي (SNP) شناسايي شدند كه اين موضوع مي‌تواند در تشكيل پايه‌هاي ژنومي نژادها (Data Base) و با صحت بالا مورد استفاده قرار گيرد.