بررسي فراواني پاراكوويروس انساني نوع يك در نمونه‌هاي كلينيكي كودكان مبتلا به گاستروآنتريت با روشRT-PCR

Epidemiology of Human Parechovirus Typel in Clinical Samples from Children with Gastroenteritis Using RT-PCR

زمينه و هدف: پاراكوويروس انساني نوع يك (HPeV-1) داراي ژنوم RNA تك‌رشته با قطبيت مثبت بوده و در خانواده پيكورناويروس‌ها قرار دارد. اين ويروس عامل ايجاد گاستروآنتريت، عفونت‌هاي تنفسي و به‌ندرت سندرم‌هاي سيستم عصبي است. از آنجايي كه تشخيص بين اسهال‌هاي پاراكوويروسي و باكتريايي از نظر ممانعت از مصرف بي‌رويه آنتي‌بيوتيك‌ها حايز اهميت است. لذا اين پروژه با هدف تعيين فراواني پاراكوويروس انساني نوع يك در نمونه‌هاي كلينيكي كودكان مبتلا به گاستروآنتريت با روش RT-PCR انجام شد. روش بررسي: RNA ويروسي از نمونه‌هاي مدفوع 472 كودك زير 4 سال مبتلا به اسهال استخراج گرديد. CDNAپس از تهيه با پرايمرهاي اختصاصي طراحي‌شده از ناحيه ترجمه‌نشدني (5?UTR)، به روش RT-Nested-PCR تكثير گرديد. اندازه محصول RT-PCR پس از الكتروفورز روي ژل آگارز 1%، 265 جفت باز بود. براي مقايسه 2 روش كشت سلولي و RT-PCR در تشخيص HPeV-1، 20 نمونه از نمونه‌هاي مثبت در سلول (Vero) كشت داده شد كه پس از يك هفته فقط 3 نمونه دارايCPE بودند. يافته‌ها: از 472 نمونه دريافت‌شده در مدت 2 سال، 112 نمونه با تست اختصاصي RT-PCRمثبت (7/23%) بودند. نتايج اين مطالعه نشان داد بالاترين فراواني اين ويروس در فصل بهار و پاييز مي‌باشد (001/0p<). گروه سني 12-6 ماه به‌طور معني‌داري (34/0>p) بيشترين موارد مثبت را نسبت به گروه‌هاي سني ديگر داشتند. موارد مثبت نيز در پسران به‌طور معني‌داري (001/0(p< نسبت به دختران بيشتر بود. نتيجه‌گيري: اين ارزيابي نشان داد با استفاده از روش RT-PCR اختصاصي مي‌توان پاراكوويروس‌هاي انساني را مستقيماً از نمونه‌هاي كلينيكي با سرعت و حساسيت بالا تشخيص داد كه در بررسي اپيدميولوژي با ارزش مي‌باشد، در ضمن مصرف بي‌رويه آنتي‌بيوتيك‌ها و هزينه را نيز كاهش خواهد داد.

Background and Objectives: Human parechovirus type-1 (HPeV-1) is a genus of picornaviridea with a single stranded positive sense RNA genome. In general it seems to be responsible for more gastrointestinal and respiratory syndromes and less responsible for central nervous system (CNS) symptoms. Since there is no accurate information about diagnosis and epidemiology of HPeV-1 in Iran and it is very important to distinguish between viral and bacterial diarrhea to decrease the unnecessary use of antibiotics, this study aimed at rapid detection and epidemiology of HPeV-1 in stool samples from children with gastroenteritis using specific RT-PCR. Methods: Viral RNA was isolated from 472 stool samples from children (under 4 years old) with diarrhea; CDNA was prepared and amplified using specific primers from 5 untranslated region (5 UTR) of HPeV-1 genome by nested RT-PCR. Amplified DNA product was electrophoresed on 1% agarose gel and a single band of 265 bp was obtained. Data were analyzed by SPSS software. We also performed a comparison between the cell culture (Vero) and RT-PCR method for HPeVl detection. Results: Out of 472 samples examined during two years, 112 samples were HpeV-1 positive (23.7%). The results showed that the prevalence of this virus was in children under one year (6-12 months) old with diarrhea (p=0.036) in spring and autumn (p<0.001). Boys had more positive cases than the girls (p<0.001). Out of 20 samples which were found positive by HPeVl RT-PCR only three of them showed CPE on Vero Cells after a week. Conclusion: The results revealed that RT-PCR is a more practical and sensitive technique for HPeV-1 detection directly from clinical samples, which is valuable for epidemiology. Also, the rapid detection of HPeVl by RT-PCR can decrease both the unnecessary use of antibiotics and the costs in clinical practice