بررسي تنوع ژنتيكي مهم ترين ارقام نيشكر در ايران با استفاده از نشانگر مولكولي RAPD

بررسي تنوع ژنتيكي مهم ترين ارقام نيشكر در ايران با استفاده از نشانگر مولكولي RAPD

اين مطالعه به منظور بررسي تنوع ژنتيكي و ميزان خويشاوندي 35 رقم نيشكر با استفاده از 65 آغازگر RAPD براي تعيين سطح تنوع ژنتيكي و خويشاوندي در برخي از واريته‌هاي تجاري S. officinarum و همچنين دو رقم وحشي S. spontaneum در ايران استفاده شد. DNA ژنومي هر رقم از برگ‌هاي‌ جوان تازه روييده بر اساس روش تغيير يافته CTAB استخراج شد و در حجم مناسبي از بافر TEحل گرديد و غلظت آن توسط دستگاه بيوفتومتر اندازه‌گيري شد. تجزيه و تحليل نشانگر RAPDبه كمك آغازگرهاي 10 نوكليوتيدي انتخابي انجام گرديد. تمام ژنوتيپ ها براي حضور نوار و عدم حضور آن نمره گذاري شدند و به كمك نرم افزار NTSYS 2002 مورد تجزيه و تحليل قرار گرفتند. از 65 آغازگر مورد استفاده، 30 آغازگر در بين ارقام چند شكلي نشان دادند و 464 نوار چند شكل توليد شد. تجزيه كلاستر بر اساس ضريب تشابه جاكارد و روش UPGMA واريته‌ها را در 2 گروه مجزا قرارداد. در اين تقسيم‌بندي دو رقم وحشي ازگونه S. spontaneum از بقيه واريته‌ها كاملاً جدا شدند و الگوي نواربندي كاملاً متفاوتي در مقايسه با ساير واريته‌ها نشان دادند. به طور كلي نتايج اين تحقيق نشان مي‌دهد كه نشانگر RAPD ابزار مناسبي جهت بررسي تنوع ژنتيكي در نيشكر است و توصيه مي‌شود به منظور افزايش كارايي برنامه‌هاي اصلاحي جهت بررسي دقيق تنوع ژنتيكي و تعيين روابط خويشاوندي، مورد استفاده قرار بگيرد.

This study was accomplished to study genetic variation of 35 cultivars sugarcanes using RAPD marker. The aim was to determine the genetic variation level and relation in some commercial varieties of S.officinarum and the two wild varieties of S.spontneum as well. Total genomic DNA of each cultivar was extracted from 1.5-2.5gr new germinated fresh young leaves and solved in the suitable amount of TE buffer. The concentration was determined by spectrophotometer. RAPD analysis was performed by use of 10bp randomized nucleotide primers. All genotypes were marked for presence or absence of band, and analyzed by use of statistical software NTSYS 2002. Among 65 applicated primers, 30 primers showed polymorphism between cultivars, and 464 polymorphic bands were produced. Cluster analysis lays varieties into the 2 separated groups through the Jacard coefficient and UPGMA methods. In this classification, 2 wild varieties from the S.spontanenm were separated completely and showed quite different band pattern in comparison with other varieties. On the whole, the results of this research showed that RAPD marker is a suitable tool to study genetic variation in sugarcane. It is recommended to increase the efficiency of breeding programs to study precise genetic variation and to determine the relationship among cultivars.