بهينه نمودن تكنيك تكثير هم دما به واسطه لوپ (LAMP) جهت تشخيص ويروس هرپس سيمپلكس تيپ 1 و 2

زمينه و هدف: ويروس هرپس سيمپلكس تيپ 1 و 2 عامل ايجاد عفونت سيستم عصبي مركزي (آنسفاليت) در انسان مي‌باشد. روشهاي مولكولي، بهترين روش تشخيص اين عامل بيماريزا مي‌باشند. در اين مطالعه تكنيك مولكولي جديد LAMP جهت تشخيص هر دو تيپ اين ويروس مورد ارزيابي قرار گرفت. روش بررسي: در يك مطالعه تجربي، 184 نمونه مايع مغزي- نخاعي (CSF) از بيمارستان مفيد تهران تهيه شد. DNA نمونه‌ها بوسيله كيت DNP سيناژن استخراج شد. يك دسته 6 تايي پرايمر، ويژه ژن DNA پليمراز ويروس HSV طراحي و تست‌هاي حساسيت و ويژگي اين تكنيك انجام گرديد. محصول واكنش LAMP با افزودن سايبرگرين مورد تاييد قرار گرفت. نتايج تكنيك LAMP با نتايج تكنيك PCR بوسيله آزمون مربع كاي مقايسه شد. يافته‌ها: حساسيت تكنيك بهينه شده LAMP تا 5 پارتيكل ويروس و حساسيت تكنيك PCR تا 50 پارتيكل ويروس تعيين گرديد. هر دو تكنيك LAMP و PCR در تشخيص تيپ 1و 2 ويروس HSV، از ويژگي 100% برخوردار بودند. از 184 نمونه CSF، تكنيك LAMP 60 نمونه را مثبت تشخيص داد در حاليكه 45 نمونه با تكنيك PCR، مثبت گزارش شدند. حساسيت تكنيك LAMP، 10 برابر بالاتر از تكنيك PCRبه دست آمد. مقايسه بين نتايج دو روش با استفاده از آزمون مربع كاي نشان داد اين دو روش در سطح معني دار p < 0.05 با يكديگر تفاوت دارند. نتيجه‌گيري: تشخيص دو تيپ 1و 2 ويروسHSV موجود در نمونه‌هايCSF ، بوسيله تكنيك LAMP از حساسيت و ويژگي بالايي برخوردار است.

Background and Aim: Type 1 and type 2 herpes simplex (HSV) virus cause infection of central nervous system (encephalitis) in human. The molecular techniques are the best methods for detection of HSV. In this study we evaluated the novel molecular technique of LAMP for detection of HSV-1 and HSV-2. Material and Methods: In this experimental study 184 cerebrospinal fluid (CSF) samples were collected from Mofid Hospital. DNA of every sample was extracted by use of Sinagen DNP Kit. Based on the HSV DNA polymerase gene, a set of 6 primers were designed and sensitivity and specificity of this method were determined. By adding SYBER Green, LAMP product was identified. The results of LAMP method were compared to those of PCR by chi-square test. Results: Sensitivity of LAMP method determined to be 5 copies/ tube and sensitivity of PCR method determined to be 50 copies/ tube. Both LAMP and PCR methods showed 100% specificity for detection of HSV type 1 and type2. Among 184 samples, 60 samples were positive by LAMP but 45 samples were positive by PCR method. Sensitivity of LAMP was 10 times higher than that of PCR. Comparison of the results of the two methods by means of chi-square test showed a significant difference (p‹0.05). Conclusion: LAMP method had high sensitivity and specificity for detection of type 1 and type 2 HSV in CSF samples.