پروتكل روش پالس فيلد ژل الكتروفورزيس براي تايپ بندي سويه هاي اوروپاتوژنيك اشريشياكلي

پروتكل روش پالس فيلد ژل الكتروفورزيس براي تايپ بندي سويه هاي اوروپاتوژنيك اشريشياكلي

مقدمه: ژل الكتروفورز در ميدان ضرباني (pulsed field gel electrophoresis) يكي از بهترين روش هايي است كه براي تيپ بندي و مطالعات اپيدميولوژي در مناطق مختلف كاربرد دارد. اين روش با قدرت تكرارپذيري و افتراق بالايي كه دارد براي تمام پاتوژن هاي انساني قابل استفاده مي باشد. اما اين روش بسيار حساس بوده و كوچك ترين تغييري در پارامترهاي وابسته به آن باعث عدم نتيجه گيري درست مي شود. با توجه به اين موارد در مطالعه حاضر سعي شده است با استاندارد سازي بيش تر اين روش و برطرف كردن اشكالات تكنيكي موجود در انجام آن به نتايج دقيق تري براي مقايسه سوش هاي مختلف در مطالعات اپيدميولوژي دست يافت. روش كار: در تحقيق حاضر در راستاي تعيين الگوي ژنتيكي سوش هاي اشريشياكلي به وسيله پروتكل ژل الكتروفورز در ميدان ضرباني، پارامتر هاي مختلفي از جمله غلظت DNA موجود در نمونه و رابطه آن با غلظت و طول مدت زمان مورد استفاده براي آنزيم ها مورد بررسي قرار گرفت. يافته ها: پس از بررسي هاي مختلف، مناسب ترين چگالي نوري (Optical Density) سوسپانسيون باكتريايي در طول موج 610 نانومتر بين 7/0 -6/0 نانومتر، غلظت آنزيم XbaI 150 واحد و زمان مناسب تاثير آنزيم پروتييناز K هفت ساعت مشخص شد. بحث و نتيجه گيري: به نظر مي رسد كه متغير هاي مورد استفاده در اين مطالعه براي بهينه سازي روش ميدان ضرباني از اساسي ترين متغير ها در راه اندازي يك روش كارآمد مي باشند. بنابراين با رعايت نكات گفته شده، اين روش ملكولي بيش از گذشته به محققين در مطالعات اپيدميولوژي و مقايسه بين سوش هاي مختلف كمك خواهد كرد.

Introduction: Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) is one of the best typing methods which is highly effective in molecular epidemiological studies in different areas. All bacterial isolates are typeable by PFGE and the results are highly reproducible. As this technique is very sensitive and the least variation in the parameter leads to lack of result or false positive, in this study we tried to optimize this method and eliminate the technical problems to obtain accurate results for comparison of different strains in epidemiological studies. Material and Methods: To assess the genotype pattern of Escherichia coli strains by PFGE method, we studied different parameters such as concentration of DNA molecules of the sample and their relationship with the enzymes concentration. Results: After different examinations, the best optical density for bacterial suspension in the wavelength of 610 was found to be within 0.6-0.7 nm and the best concentration of XbaI enzyme was 150 units. The appropriate time for proteinase K effect was 7 hours. Conclusion: It seems that the parameters used in this study are the most essential factors in the establishment of an effective PFGE method. With due attention to this experiment, researchers can use this method more efficiently than before for epidemiologic studies and comparison of different strains.