به‌كارگيري خوشه‌بندي فازي در ريزآرايه DNA

سابقه و هدف: فناوري ريزآرايه براي بررسي همزمان بيان هزاران ژن در بازه وسيعي از ژنوميك، نظير شناسايي ژنها، اكتشاف داروها و تشخيص‌‌هاي كلينيكي مورد استفاده قرار گرفته است. آزمايشهايي كه بر اساس فناوري ريزآرايه انجام مي‌شوند حجم بسيار زيادي از داده‌ها را فراهم مي‌كنند كه در مطالعات بيولوژيك بي‌نظير بوده است. نرمال سازي، خوشه‌بندي، طبقه‌بندي و ... از جمله روشهاي مورد استفاده در تحليل آماري اين نوع داده‌هاست. هدف اين مقاله بررسي نحوه به كارگيري روش خوشه‌بندي فازي در داده‌هاي ريزآرايه DNA است.مواد و روش‌ها: تحقيق به روش توصيفي انجام شده و داده‌هاي بيان ژني سرطان خون گلوب و همكاران (1999) كه بر اساس روش آرايه اليگونوكلئوتيد توليد شده و از طريق اينترنت در اختيار عموم قرار دارد، با استفاده از روش آماري خوشه‌بندي فازي، مورد تجزيه و تحليل قرار گرفته است. خوشه‌بندي داده‌هاي ريزآرايه به صورت خيلي محدود و گرايش بيشتر به سمت خوشه‌بندي كلاسيك در ايران صورت پذيرفته است و اين مقاله شروعي در خوشه‌بندي فازي داده‌هاي ريزآرايه به شمار مي‌آيد. مجموعه داده‌ها شامل 20 بيمار مبتلا به سرطان خون لنفوئيدي حاد (ALL) و 14 بيمار مبتلا به سرطان خون ميلوئيدي حاد(AML) است. كارايي روش خوشه‌بندي فازي با توجه به گروه‌بندي واقعي نمونه‌ها (ALL و AML) مورد ارزيابي قرار گرفت. نرم‌افزار R براي تحليل داده‌ها استفاده شد.يافته‌ها: ويژگي روش خوشه‌بندي فازي در تشخيص افراد AML، 90% و حساسيت آن 93% و صحت آن 91% به دست آمد كه نشان‌دهنده عملكرد خوب اين روش است. نمونه سي و يكم كه بر اساس يافته‌هاي باليني در گروه AML قرار دارد در گروه ALL قرار گرفت، همچنين نمونه‌هاي دوم و هفدهم كه بر اساس يافته‌هاي باليني در گروه ALL قرار دارد طبق نتايج در گروه AML قرار گرفتند كه از نظر باليني مي‌توانند قابل توجه باشند.نتيجه‌گيري: خوشه‌بندي فازي اطلاعات نسبتاً قابل قبولي درباره ساختار داده‌ها فراهم مي‌كند كه با توجه به انطباق نتايج اين روش با گروه‌بندي واقعي داده‌ها، از اين روش آماري مي‌توان در مواردي كه اطلاع دقيقي درباره گروه‌بندي واقعي داده‌ها در دست نيست، استفاده كرد. به علاوه با بررسي نتايج خوشه‌بندي ممكن است زيرگروه‌هايي از نمونه‌ها را به نحوي متمايز كرد كه براي انطباق آن با يافته‌هاي باليني، پژوهشهاي آزمايشگاهي يا باليني جديدي لازم باشد.