تايپينگ سوش هاي مايكوباكتريوم توبر كلوزيس جدا شده دربيماران شهر تهران با استفاده از Spoligotyping

Typing of Mycobacterium tuberculosis Isolated from Patients in the Tehran City by Spoilgotyping

سابقه و هدف: اسپوليگو تايپينگ روشي بر اساس پلي مورفيسم لوكوس كروموزي DR (توالي تكراري مستقيم) 36جفت بازي كه به يك يا دو توالي فاصله اندازه 35-41 جفت بازي متصل است مي باشد.94 توالي فاصله اندازه مختلف بين DR شناسايي شده كه تنها 43 توالي فاصله انداز به صورت معمول مورد استفاده قرار مي گيرد. بر اساس وجود يا فقدان اين توالي ها مي توان سوش هاي مايكو باكتريوم توبركلوزيس را از هم متمايز كرد. هدف از انجام مطاله شناسايي تايپ هاي منتشر سوش مايكوباكترم توبركلوزيس در شهر تهران مي باشد. مواد و روش ها: كشت مثبت متعلق به 149 بيمار مبتلا به سل ريوي از نظر اسپوليگوتايپينگ مورد بررسي قرار گرفتند. جدا سازي اوليه سويه هاي مايكوباكتريوم با روش پتروف 4% و با استفاده از محيط Lowenstein Jensen انجام شد و براي شناسايي سويه ها از تست بيوشيميايي افتراقي از قبيل: تست هاي نياسين- فعاليت كاتالاز- احيا نيترات استفاده شد. حساسيت دارويي در برابر ايزونيازيد (0/2µg/m)، ريفامپين (40µg/ml). استرپتوماسيون (µg/m 10) و اتامبوتول (2µg/ml) به روش تناسبي انجام و سويه ها به سه گروه حساس، MDR و غير MDR تقسيم بندي شده اند. سپس DNA از كلني ها مثبت با روش كيت DNA technology استخراج گرديد. قطعات مورد نظر با روش PCR تكثير شده و پس از دناتوره كردن قطعه تكثيرشده هيبريداسيون با آنزيم استرپتاويدين پر اكسيد از به روش line reverse blot انجام مي گيرد. پس از اضافه كردن كمي لومينسانس و گذاشتن غشا بر روي فيلم X-ray راديولوژي مي شود كه به روش كيت Spoligotyping از شركت هلندي انجام شد. يافته ها: سويه ها به 9 دسته (Beijing ,CAS1 ,CAS2 ,Haarlem ,U ,T2 ,T1 ,EAI3 ,EAI2 ,CAS2) متمايز شدند كه بيشترين تعداد مربوط به سويه T-Haarlem (27?) و كمترين تعداد مربوط به سويه (T2 (?0/4 مي باشد. همچنين با روش تايپينگ دو سويه متعلق به مايكوباكتريوم بويس نيز شناسايي شد. نتيجه گيري: اين روش سريع ساده و داراي حساسيت بالا بود و در هربار انجام اين روش تعداد 50 نمونه را مي توان ازهم متمايز كرد.

Aim and Background. spoilgotyping is a method based on 36bp DR(Direct Repeat) chromosomal loci polymorphism which is connected to one or two 35- 41 spacersequences. There have been 94 differet intra DR spacer sequences identified and only 43 of them are used as usual. Mycobacterium tuberculosis complex strains can be identified in order to lacking or having these sequences. Materials and methods. spoilgotyping test was done on 149 TB smear positive patients.Primary separation of mycobacterium strains was done through petrof 4% method and by Lowenstein Jensen(LJ) media. Biochemical tests such as Niacin test / Catalase activity / Nitrate reduction were done due to strains identifying. Drug sensitivity to INH(2Mg/ml) / RIF(40Mg/ml) / STM(10Mg/ml) and ETBI(2Mg/ml) was accomplished proportional and strains were distributed to three groups: sensitive, MDR, non MDR. DNA was extracted by CTAB method on positive clonies. Sequences were amplified by PCR and after denaturating amplified sequences, hybridation with Streptavidine peroxidase enzyme through line reverse blot method was accomplished. Luminoscense was added and the membrane was put onto the X-ray film. Then we did radiology step. Results: Serotypes were divided into 9 groups (Beijine/CAS23/Haarlem/U/T2/T1/EAI3/EAI2/CAS2). The majority group was Haarlem (27%) and minority one was T2 (0.4%). There were also identified 2 strains belonging to Mycobacterium bovis. Conclusion: Used method in this study is easy/precipitate and has high sensitivity. In every time using this method there could be 43 samples distinguished.